1. 总体结论：案件事实不清时，仍然可以立案。但立案后，随着案件的推进，对证据的要求会逐渐提高，证据持续不足将影响案件的最终处理结果。

2. 详细分析：

   • 刑事诉讼：

     • 立案阶段：根据《刑事诉讼法》第112条，公安机关、人民检察院或人民法院在接到报案等材料后，只要认为有犯罪事实且需要追究刑事责任，即可立案。此时并不要求证据充分，只需有证据显示可能存在犯罪事实。例如，在盗窃案件中，被害人提供案发时间、地点等基本信息，公安机关即可立案侦查。
     • 侦查和起诉阶段：若证据不足无法查明犯罪事实，根据《刑事诉讼法》第163条，公安机关应撤销案件。审查起诉阶段，检察院可能退回补充侦查或直接撤销案件。特别是经过二次补充侦查仍证据不足的，检察院应作出不起诉决定。
     • 审判阶段：若证据不足，法院将作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

   • 民事诉讼：

     • 立案阶段：根据《民事诉讼法》第126条，只要原告与案件有直接利害关系，有明确被告，有具体诉讼请求和事实理由，且属于法院受理范围和管辖，即可立案。此时不要求证据充分。例如，在合同纠纷案件中，原告提供合同文本、沟通记录等初步证据，法院即可立案。
     • 审理和判决阶段：遵循“谁主张，谁举证”原则。若原告在审理过程中无法提供充分证据支持诉讼请求，将面临败诉风险。例如，在民间借贷纠纷中，原告无法提供借条、转账记录等有效证据，法院可能会判决驳回其诉讼请求。

   • 行政诉讼：

     • 立案阶段：根据《行政诉讼法》第51条，只要原告认为行政行为侵犯其合法权益，有明确被告，有具体诉讼请求和事实根据，即可立案。此时同样不要求证据充分。例如，公民认为行政处罚决定不合理，提供行政处罚决定书等相关材料，法院即可立案受理。
     • 审理和判决阶段：原告需提供足够证据支持诉讼主张。若证据不足，法院可能会判决驳回原告的诉讼请求。例如，在行政许可纠纷中，原告无法提供足够证据证明符合许可条件，法院可能会判决维持行政机关的决定。

3. 法律建议：

   • 对于当事人而言，在案件立案阶段，即使事实不清或证据不足，也应积极向相关部门提交报案材料或起诉状，以维护自身权益。
   • 在案件推进过程中，应尽可能收集并保存相关证据，以确保在后续的侦查、起诉和审判阶段中，能够提供充分的证据支持自己的主张。
   • 若在案件推进过程中遇到证据不足的问题，应及时咨询专业律师，了解可能的法律后果和应对策略，以便更好地维护自身权益。

综上所述，案件事实不清时并不影响立案，但在案件推进过程中，证据的重要性逐渐凸显。因此，无论是当事人还是律师，在参与法律程序时，都应尽可能收集并保存相关证据。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。