刑事案件事实清楚但证据不足，并不意味着一定不能立案。立案与否主要取决于是否有犯罪事实发生且需要追究刑事责任，而非完全依赖于证据的充分性。以下是对这一问题的详细分析：
一、立案的标准与条件
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十二条的规定，公安机关、人民检察院或者人民法院对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查。只要认为有犯罪事实需要追究刑事责任，就应当立案。这里的“有犯罪事实”指的是发现有某种危害社会而又触犯刑律的犯罪行为发生，并不要求掌握充分、确凿的证据来证实犯罪嫌疑人实施了犯罪行为。
二、证据不足时的立案情况
初步线索或证据：在立案阶段，只要报案人、控告人、举报人提供了一定线索或初步证据，使得司法机关认为有犯罪事实存在并且需要追究刑事责任，即可立案。例如，有人报案称目睹了一起疑似抢劫案件，尽管报案人未能看清犯罪嫌疑人的具体长相或其他更多细节，但基于抢劫这一犯罪事实可能发生，公安机关是可以立案并展开进一步侦查的。
紧急情形下的立案：在某些特殊案件中，即使现有证据不完全充分，但若有迹象表明可能存在重大犯罪（如危害国家安全、恐怖活动等），公安机关可能会基于维护公共安全等考量先行立案，并继续开展调查取证工作。此类情形属于极端个例，需严格遵循法定程序。
三、证据不足对案件后续处理的影响
虽然立案不必然要求证据充分，但证据的收集和审查在案件的后续处理中至关重要。
侦查阶段：立案后，侦查机关会采取一系列侦查手段去收集、固定证据，确定犯罪嫌疑人，并查明犯罪事实真相。如果在侦查过程中，最终仍然证据不足，不符合起诉条件，公安机关可能会撤销案件。
审查起诉阶段：案件移送至人民检察院后，检察院会进行审查起诉。如果认为证据不足，检察院可能退回补充侦查或直接作出不起诉决定。特别是经过二次补充侦查仍证据不足的，检察院应作出不起诉决定。
审判阶段：如果案件进入审判阶段，法院将对证据进行全面审查。若证据不足，法院将作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
四、建议与提醒
及时报案并提供线索：如果您发现犯罪行为或知晓犯罪事实，应及时向公安机关报案，并提供尽可能多的线索和初步证据，以便司法机关及时立案并展开侦查。
关注案件进展：在案件立案后，您应关注案件的进展情况，及时配合司法机关的调查取证工作，提供必要的协助和支持。
寻求法律帮助：如果您对案件的处理结果有异议或需要进一步的法律帮助，可以随时向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。
总之，刑事案件事实清楚但证据不足并不意味着一定不能立案。立案与否主要取决于是否有犯罪事实发生且需要追究刑事责任。然而，证据的收集和审查在案件的后续处理中至关重要，直接关系到案件的最终处理结果。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。