结论：婚姻期间夫妻共同经营的店铺所赚的钱，原则上属于夫妻共同财产，男方父亲过世这一事件本身，并不直接决定店里赚的钱是否需要“拿出来”（即是否需要分割或处理），而是要看这些钱是否因继承等特定原因产生了权属变化，以及夫妻双方是否有特殊约定。以下从不同角度进行分析：
一、夫妻共同财产的基本原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的生产、经营、投资的收益，属于夫妻共同财产。因此，婚姻期间夫妻共同经营的店铺所赚的钱，原则上应视为夫妻共同财产，双方享有平等的处理权。
二、男方父亲过世对店铺收益的影响
继承情况：如果男方父亲过世后，店铺或店铺的资产（如设备、存货等）作为遗产被男方继承，且继承发生在婚姻关系存续期间，那么这部分继承的财产原则上也会成为夫妻共同财产（除非遗嘱中明确只归男方一人所有）。但店铺的收益（即经营所得）本身，并不因继承而直接改变其夫妻共同财产的属性。
非继承情况：如果男方父亲过世并未导致店铺或店铺资产的权属发生变化，或者店铺的收益并非直接来源于继承的财产，那么店铺的收益仍然属于夫妻共同财产。
三、特殊约定或情况
夫妻财产约定：如果夫妻双方在婚姻关系存续期间签订了财产约定协议，明确约定了店铺收益的归属或处理方式，那么应按照协议的约定来处理。
一方对店铺的贡献：虽然店铺收益原则上属于夫妻共同财产，但如果一方能够证明其对店铺的经营、管理或投资等方面做出了显著贡献，而另一方则未参与或贡献较少，那么在实际分割财产时，可能会考虑这一因素进行适当调整。不过，这种调整并不是法律上的必然要求，而是基于公平原则的考量。
四、关于“店里赚的钱要拿出来吗”的具体分析
如果是指分割财产：在婚姻关系存续期间，除非双方协商一致或存在法定分割事由（如一方严重损害夫妻共同财产利益等），否则一般不需要对夫妻共同财产进行分割。因此，如果男方父亲过世并未导致需要分割财产的情况出现，那么店里赚的钱不需要“拿出来”进行分割。
如果是指处理继承财产：如果男方继承了父亲遗留的与店铺相关的财产（如设备、存货等），且这部分财产成为了夫妻共同财产的一部分，那么在实际处理时（如出售、转让等），需要双方协商一致并按照相关法律法规进行操作。但这并不等同于“店里赚的钱要拿出来”，而是对继承财产的处理。
建议：如果夫妻双方对店铺收益的归属或处理方式存在争议，或者男方父亲过世后涉及继承问题导致财产权属发生变化，建议及时咨询专业律师（即向我咨询）进行具体分析和处理。在实际操作中，应保留好相关证据（如经营记录、财务凭证、继承文件等）以便在需要时进行证明和维权。