父亲开的店留给女儿，法院是否能认定该店铺为夫妻共有财产，需依据具体情况判断，以下从不同角度进行分析：
一、若店铺是在女儿婚姻关系存续期间取得，且资金来源于女儿与配偶的共同财产
若父亲明确表示店铺是赠与女儿个人的：
- 根据相关法律规定及实践，若父亲在赠与时有明确的书面或口头表示，仅赠与女儿一人，那么该店铺应视为女儿的个人财产，不属于夫妻共同财产。
若父亲未明确表示仅赠与女儿一人：
- 在这种情况下，若店铺是在女儿婚姻关系存续期间取得，且资金来源于女儿与配偶的共同财产（如共同积蓄、共同经营所得等），那么该店铺一般会被认定为夫妻共同财产。因为根据《民法典》的规定，夫妻在婚姻关系存续期间所获得的生产、经营、投资等方面的收益，都算作夫妻的共同财产。
二、若店铺是在女儿婚前取得，或资金来源于女儿的个人财产
若店铺是女儿婚前个人财产出资开办：
- 在这种情况下，店铺应视为女儿的个人财产，不属于夫妻共同财产。因为婚前个人财产出资开办的店铺，其产权归属应与出资人一致。
若店铺是女儿婚后用个人财产出资开办，且能证明资金来源：
- 若女儿能提供充分的证据证明店铺是用其个人财产出资开办的，且该财产不属于夫妻共同财产，那么该店铺也应视为女儿的个人财产。但这种情况需要女儿有明确的财产证明和出资记录。
三、其他影响因素
店铺的登记情况：
- 若店铺登记在女儿一人名下，但结合出资及经营等情况，若能证明是夫妻共同财产，则法院可能会认定其为夫妻共同财产。反之，若登记在双方名下，则一般会被认定为夫妻共同财产。
父母赠与的意思表示：
- 父母在赠与店铺时，若有明确的书面或口头表示，仅赠与女儿一人，那么该店铺应视为女儿的个人财产。若父母未明确表示，则可能会根据出资情况、经营情况等因素进行综合判断。
四、举证责任
- 在涉及财产归属的争议中，举证责任通常由主张财产为个人所有的一方承担。因此，若女儿主张店铺为其个人财产，她需要提供充分的证据证明店铺的资金来源、赠与意思表示等。
五、法律建议
- 明确赠与意思表示：若父亲希望将店铺赠与女儿个人，应在赠与时明确表示，并最好留下书面证据。
- 保留出资证明：女儿应保留好店铺的出资证明，如银行转账记录、取款凭证等，以证明资金来源。
- 咨询专业律师：在涉及财产归属的争议中，建议咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和帮助。
总结来说，父亲开的店留给女儿，法院是否能认定该店铺为夫妻共有财产，需依据店铺的取得时间、资金来源、父母赠与的意思表示以及店铺的登记情况等因素进行综合判断。若您对此有进一步疑问或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。