结论是：店铺是否认定为夫妻共有财产，不能仅凭营业执照是父亲的来判断，而需综合考虑店铺的出资、经营、收益等多个因素。 以下从不同角度进行分析：

一、营业执照与财产归属的关系

营业执照是工商行政管理部门发给工商企业、个体经营者的准许从事某项生产经营活动的凭证。它本身并不直接决定店铺的财产归属。店铺的财产归属，更多地取决于店铺的出资、经营、收益等实际情况。

二、夫妻共有财产的认定

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产，为夫妻的共同财产，归夫妻共同所有。这包括工资、奖金、劳务报酬，生产、经营、投资的收益，知识产权的收益，以及继承或受赠的财产（但遗嘱或赠与合同中确定只归一方的财产除外）等。

1. 如果店铺是夫妻共同出资经营：

   • 即便营业执照登记在父亲名下，但如果店铺的实际出资、经营、管理均由夫妻双方共同完成，且收益也用于夫妻共同生活，那么该店铺很可能被认定为夫妻共有财产。

2. 如果店铺主要是父亲出资经营，夫妻仅参与部分经营：

   • 在这种情况下，店铺的财产归属可能更为复杂。如果夫妻能够证明他们对店铺的经营有实质性贡献，并且这部分贡献与店铺的收益有直接关系，那么他们可能主张对店铺的部分权益。但具体权益的划分，需要根据实际情况和证据来判断。

3. 如果存在书面协议或约定：

   • 如果夫妻之间或夫妻与父亲之间存在书面协议或约定，明确店铺的财产归属或收益分配方式，那么该协议或约定将作为判断店铺财产归属的重要依据。

三、法律建议

1. 收集证据：

   • 如果夫妻主张对店铺享有共有财产权，他们需要收集相关证据，如出资证明、经营记录、收益分配记录等，以证明他们对店铺的实际贡献和权益。

2. 协商或诉讼：

   • 在证据充分的情况下，夫妻可以与父亲进行协商，明确店铺的财产归属和收益分配方式。如果协商不成，他们可以通过法律途径解决争议，如提起民事诉讼。

3. 咨询专业律师：

   • 由于涉及复杂的法律关系和证据收集，建议夫妻在处理此类问题时咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和帮助。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。

四、可能的法律后果

如果夫妻无法证明他们对店铺享有共有财产权，或者法院最终认定店铺不属于夫妻共有财产，那么夫妻可能无法分享店铺的收益或参与店铺的管理。因此，在处理此类问题时，夫妻需要谨慎对待，并尽可能收集充分的证据来支持自己的主张。

综上所述，店铺是否认定为夫妻共有财产，不能仅凭营业执照是父亲的来判断。在处理此类问题时，需要综合考虑店铺的出资、经营、收益等多个因素，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。