结论是：分居期间，夫妻用共同财产开的店所赚的钱，原则上仍属于夫妻共同财产，在离婚时一般可以进行分割，但具体处理方式需视情况而定。
一、法律原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产，包括工资、奖金、劳务报酬，生产、经营、投资的收益等，原则上归夫妻共同所有。这一原则同样适用于分居期间的情况。即使夫妻双方因感情不和或其他原因分居，只要婚姻关系尚未解除，期间所得的财产仍然属于夫妻共同财产。
二、具体分析
分居期间的经营收益：
- 如果夫妻在分居期间用共同财产开设了店铺，并产生了经营收益，那么这些收益原则上应视为夫妻共同财产。
- 在离婚时，这些收益应当作为夫妻共同财产进行分割。分割方式可能包括协商分割或由法院根据具体情况判决分割。
特殊情况的处理：
- 如果一方能够证明分居期间的店铺经营收益完全由其个人努力或特定资源获得，且与另一方无关，那么这部分收益可能不被视为夫妻共同财产。但这种情况需要充分的证据支持，且实践中较难认定。
- 如果夫妻双方在分居期间已经就财产分割达成协议，并且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么该协议对双方具有约束力。在这种情况下，店铺的经营收益将按照协议进行分割。
三、法律建议
保留证据：
- 在分居期间，如果涉及店铺经营和财产分割问题，建议双方保留好相关证据，如店铺的经营记录、财务账目、收入支出明细等。这些证据将在离婚时起到关键作用。
协商解决：
- 在离婚前，双方可以尝试通过协商解决财产分割问题。如果能够达成一致意见，可以签订书面协议并办理相关手续。这种方式可以节省时间和精力，避免不必要的法律纠纷。
寻求法律帮助：
- 如果双方无法就财产分割问题达成一致意见，或者存在其他复杂的法律问题，建议寻求专业律师的帮助。律师将根据具体情况提供法律意见和解决方案，并代表当事人参与诉讼或调解过程。
四、可能的法律后果
- 如果在离婚时未能就店铺的经营收益达成一致意见，并且无法提供充分的证据证明收益的归属，那么法院可能会根据具体情况判决分割这部分收益。
- 如果一方在分居期间擅自处分夫妻共同财产（如转移、隐匿或变卖店铺资产），那么另一方有权要求返还财产或赔偿损失。在严重情况下，擅自处分财产的一方还可能面临法律责任。
最后，如果您在分居期间涉及店铺经营和财产分割问题，或者有任何其他婚姻家庭方面的法律问题，都可以直接向我咨询。