结论前置：劳动合同中降低基本工资但保持总工资不变，这一做法可能对员工的权益产生多方面的影响，包括社保与公积金缴纳、加班费计算、经济补偿金计算以及可能引发的劳动纠纷等。以下是对这些影响的详细分析：
社保与公积金缴纳：
- 影响分析：社保和公积金的缴纳基数通常与员工的基本工资挂钩。如果公司降低了基本工资，但总工资不变，这可能意味着其他部分的工资（如奖金、津贴等）有所增加。然而，社保和公积金的缴纳可能仅基于基本工资部分，因此，降低基本工资可能导致社保和公积金的缴纳金额减少，进而影响员工未来的社保待遇和公积金提取。
- 法律建议：员工应仔细审查自己的工资条和社保、公积金缴纳记录，确保缴纳基数与合同约定及实际工资水平相符。如发现不符，应及时与公司沟通或向相关部门投诉。
加班费计算：
- 影响分析：加班费通常基于员工的基本工资进行计算。如果基本工资降低，那么加班费的计算基数也会相应降低，从而导致员工在加班时获得的加班费减少。
- 法律建议：员工在签订劳动合同时，应明确加班费的计算方式和基数。如合同中未明确规定，可与公司协商补充约定。同时，员工在加班时应保留好相关证据，以便在发生纠纷时维护自己的权益。
经济补偿金计算：
- 影响分析：在劳动合同解除或终止时，经济补偿金的计算通常与员工的基本工资和工龄有关。如果基本工资降低，那么经济补偿金的计算基数也会相应降低，从而影响员工获得的经济补偿金额。
- 法律建议：员工在签订劳动合同时，应关注经济补偿金的计算方式和基数。如合同中未明确规定或规定不明确，可与公司协商补充约定。同时，员工在离职时应保留好相关证据，以便在发生纠纷时维护自己的权益。
可能引发的劳动纠纷：
- 影响分析：降低基本工资但保持总工资不变的做法可能引发员工的质疑和不满，进而引发劳动纠纷。员工可能认为公司此举是为了减少社保、公积金缴纳或加班费、经济补偿金的支付，从而损害员工的合法权益。
- 法律建议：公司在调整员工工资结构时，应充分与员工沟通，解释调整的原因和目的，并确保调整后的工资结构符合法律法规的规定。员工在遇到此类情况时，应保持冷静，与公司协商解决；如协商无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
额外提醒：作为员工，应时刻关注自己的工资结构和社保、公积金缴纳情况，确保自己的合法权益不受侵害。如遇到任何疑问或问题，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。