结论：您在公司每天工作12小时但只按8小时计算工资的情况，在赔偿时是否需要全部算清，这主要取决于您与公司之间的劳动合同约定、公司的规章制度以及相关法律法规的规定。一般来说，如果公司未按照实际工作时间支付工资，您有权要求公司补足差额，并在赔偿时按照实际应得工资计算。

详细分析：

1. 劳动合同与规章制度：

   • 首先，您需要查看与公司签订的劳动合同中关于工作时间和工资支付的条款。如果合同中明确规定了您的工作时间和应得工资，而公司未按照合同执行，那么您有权要求公司按照合同补足工资差额。
   • 其次，检查公司的规章制度中是否有关于加班工资支付的规定。如果公司有明确的加班工资支付政策，但未实际执行，您同样可以要求公司按照政策支付加班工资。

2. 法律法规：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。如果公司安排您加班，应当支付加班费。加班费的计算通常基于您的基本工资和加班时间。
   • 如果公司未按照法律规定支付加班费，您有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付应得的加班费及可能的赔偿金。

3. 赔偿计算：

   • 在赔偿时，如果是因为公司未支付足额工资（包括加班费）而引发的纠纷，您有权要求公司按照您实际应得工资进行赔偿。这包括您正常工作时间的工资以及加班时间的工资。
   • 计算公式示例：假设您的基本工资为X元/小时，正常工作时间为8小时/天，加班时间为4小时/天（假设加班费为基本工资的1.5倍），则您每天应得工资为：\(X imes 8 + X imes 1.5 imes 4\)。如果公司只按8小时计算工资，未支付加班费，则您有权要求公司补足差额。

4. 实际操作建议：

   • 收集证据：保留好与工作时间、工资支付相关的证据，如考勤记录、工资条、劳动合同等。
   • 与公司协商：首先尝试与公司协商解决，要求公司补足工资差额并支付加班费。
   • 寻求法律援助：如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，必要时可以寻求律师的帮助来维护自己的合法权益。

后续行动建议：

• 如果您对具体的赔偿计算或法律程序有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。
• 在处理此类纠纷时，保持冷静和理性，依法维护自己的权益。