特殊工时的备案工作，一般是由用人单位负责向当地的劳动行政部门进行申请和办理。以下是对这一问题的详细解释：

一、特殊工时备案的基本概念

特殊工时制度，包括不定时工作制和综合计算工时工作制，是相对于标准工时制度而言的。由于这些工时制度具有特殊性，因此需要用人单位向劳动行政部门进行备案，以确保其合法性和合规性。

二、备案的责任主体

1. 用人单位：作为特殊工时制度的实施者，用人单位有责任和义务向当地的劳动行政部门进行备案申请。这包括提交相关的申请材料、填写备案表格等。
2. 劳动行政部门：负责接收用人单位的备案申请，并对申请材料进行审核。如果申请材料齐全、符合法定形式，劳动行政部门会予以备案，并出具相关的备案证明。

三、备案的流程和要求

1. 准备申请材料：用人单位需要准备包括但不限于以下材料：特殊工时制度申请表、职工代表大会或工会意见、企业营业执照副本复印件、实行特殊工时制度职工名册等。
2. 提交申请：用人单位应将准备好的申请材料提交给当地的劳动行政部门。提交方式可以是线上或线下，具体取决于当地劳动行政部门的要求。
3. 审核与备案：劳动行政部门在收到申请材料后，会进行审核。如果审核通过，会予以备案，并出具备案证明。如果审核不通过，会告知用人单位需要补充或修改的材料。

四、备案的重要性

1. 合法性保障：通过备案，用人单位可以确保其实施的特殊工时制度符合法律法规的要求，避免因违法而面临的法律风险。
2. 职工权益保护：备案过程中，劳动行政部门会对用人单位的申请材料进行审核，确保职工的权益得到充分保护。例如，不定时工作制和综合计算工时工作制下的职工，其加班工资、休息休假等权益应得到妥善安排。
3. 企业管理规范：备案有助于用人单位规范其用工管理，提高管理效率。通过备案，用人单位可以明确其特殊工时制度的实施范围、周期等，从而更好地安排职工的工作和休息。

五、注意事项

1. 及时备案：用人单位应在实施特殊工时制度前及时向劳动行政部门进行备案申请，以确保其合法性和合规性。
2. 材料真实准确：用人单位在提交备案申请时，应确保所提交的材料真实、准确、完整。如有虚假材料或隐瞒重要事实，将可能面临法律责任。
3. 关注政策变化：由于劳动法律法规和政策可能会发生变化，用人单位应密切关注相关政策动态，及时调整其特殊工时制度以适应新的法律法规要求。

如果您在特殊工时备案方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。