结论：公司因员工长期违规带手机，在管理层长期默认的情况下，现在要查监控并全部扣绩效，这一做法是否合法需分情况讨论，一般情况下，若公司规章制度未明确规定此类违规行为的处罚措施，或处罚措施不合理，则公司全部扣绩效的做法不合法；若公司规章制度有明确规定且合理，但管理层长期默认未执行，现在突然执行也可能面临合法性挑战。
分析说明：
公司规章制度的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，公司有权制定规章制度来规范员工的行为，但这些规章制度必须合法、合理，并且需要经过民主程序制定，向员工公示或告知。
- 如果公司的规章制度中明确规定了员工不得在工作期间带手机，以及违反此规定的处罚措施（如扣绩效），并且这些规定是合法、合理的，同时公司能够证明员工确实违反了这些规定，那么公司有权依据规章制度对员工进行处罚。
- 然而，如果公司的规章制度中没有明确规定此类违规行为的处罚措施，或者处罚措施明显不合理（如全部扣绩效），那么公司以此为由扣绩效的做法就可能缺乏法律依据，不合法。
管理层长期默认的角度：
- 如果管理层长期默认员工带手机的行为，这可能被视为公司对员工此类行为的一种默许或容忍。在这种情况下，员工可能会形成一种合理的预期，即公司不会因为带手机而对其进行处罚。
- 如果公司现在突然改变态度，要查监控并全部扣绩效，这可能会让员工感到不公平和无法接受。从法律角度来看，这种突然的改变也可能面临合法性挑战，因为公司需要证明其处罚行为的合理性和必要性，以及员工确实违反了公司的明确规定。
实际操作的合理性：
- 即使公司的规章制度中有明确规定，并且管理层之前没有默认员工带手机的行为，公司在实际操作时也需要考虑处罚的合理性。全部扣绩效可能是一种过于严厉的处罚措施，特别是如果员工的违规行为并没有对公司造成实际损失或严重影响。
- 公司应该根据员工的违规情节、后果以及公司的实际情况来制定合理的处罚措施，以确保处罚的公正性和合理性。
建议与行动：
- 对于公司：如果公司确实需要规范员工带手机的行为，应该首先完善规章制度，明确规定违规行为的处罚措施，并确保这些规定合法、合理且经过民主程序制定。同时，公司应该加强宣传和教育，让员工了解并遵守这些规定。在执行处罚时，公司应该确保处罚的公正性和合理性，避免过于严厉或不当的处罚。
- 对于员工：如果员工认为公司的处罚行为不合法或不合理，可以与公司进行沟通协商，寻求解决方案。如果沟通无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
后续思考：公司在制定和执行规章制度时，应该注重合法性和合理性，确保员工的权益得到保障。同时，员工也应该了解并遵守公司的规章制度，以维护良好的工作秩序和劳动关系。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。