结论：工资3500元，病假四天以上扣全额工资一般不合法，具体是否合法及工资计算方式需分情况讨论。以下为详细分析：

一、病假工资的合法性判断

1. 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及各地具体实施办法：

   • 职工在医疗期内享有病假工资待遇，且病假工资不得低于当地最低工资标准的80%（具体比例可能因地区而异，需参照当地规定）。
   • 若公司规章制度或劳动合同中明确规定了病假工资的计算方式，且该方式不低于法定最低标准，则按约定执行；但若约定低于法定标准，则约定无效，应按法定标准支付。

2. 针对“病假四天以上扣全额”的情况：

   • 这种做法通常不合法，因为即使职工病假超过四天，只要仍在医疗期内，公司就应支付病假工资，且工资不得低于法定最低标准。
   • 如果公司以“病假四天以上”为由扣除全额工资，可能违反了劳动法关于病假工资支付的规定。

二、病假工资的具体计算方式

1. 基本计算原则：

   • 病假工资通常基于职工的正常工资（即基本工资或岗位工资等固定部分）进行计算。
   • 计算时需考虑医疗期长度、病假天数以及当地最低工资标准等因素。

2. 具体计算方法（以某地区为例，具体需参照当地规定）：

   • 假设当地最低工资标准为2000元/月，则病假工资不得低于1600元/月（即2000元的80%）。
   • 若职工正常工资为3500元/月，且病假在医疗期内，则病假工资应至少为1600元/月（具体数额可能因公司规章制度或劳动合同约定而更高）。
   • 病假工资的具体数额可能还需根据职工的工作年限、病假天数等因素进行进一步调整（如有些地区规定病假工资按工作年限分比例支付）。

3. 针对本案例的计算：

   • 若职工月工资为3500元，且病假在医疗期内，则公司扣除全额工资的做法不合法。
   • 职工应获得的病假工资至少应为当地最低工资标准的80%（具体数额需参照当地规定），且可能更高（取决于公司规章制度或劳动合同的约定）。

三、建议与行动

1. 与公司沟通：

   • 职工可首先与公司人力资源部门或相关负责人沟通，了解公司病假工资的具体计算方式和依据。
   • 若公司解释不合理或违反法律规定，职工可进一步采取行动。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 若与公司沟通无果，职工可向当地劳动监察部门投诉，要求公司依法支付病假工资。

3. 申请劳动仲裁：

   • 若劳动监察部门处理无果或职工对处理结果不满意，可向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

温馨提示：不同地区的劳动法规可能存在差异，具体病假工资的计算方式和最低标准需参照当地规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。