药品经营企业的企业负责人长期不在岗，这一行为是否违法，需结合具体情况及相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
从企业合规运营角度：
- 药品经营企业作为特殊行业，其运营和管理需严格遵守国家相关法律法规，包括但不限于《药品管理法》、《药品经营质量管理规范》（GSP）等。
- 企业负责人作为企业的法定代表人或主要管理者，其职责包括确保企业合规运营、保障药品质量安全等。若企业负责人长期不在岗，可能导致企业管理混乱，无法有效履行其职责，从而违反相关法律法规对企业管理的要求。
从劳动合同与岗位职责角度：
- 企业负责人通常与企业签订有劳动合同，明确其岗位职责和工作要求。若劳动合同中明确规定了企业负责人的在岗时间、工作职责等，而企业负责人长期不在岗，则可能构成违约行为。
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行自己的义务。若企业负责人未履行劳动合同约定的在岗义务，企业有权依据劳动合同和相关法律法规追究其责任。
从行业监管与处罚角度：
- 药品经营企业受到药品监管部门的严格监管。若企业负责人长期不在岗，导致企业无法满足药品监管要求，如药品质量安全管理不到位等，药品监管部门有权对企业进行处罚，包括警告、罚款、吊销药品经营许可证等。
- 在某些情况下，若企业负责人的长期不在岗行为严重到构成违法犯罪（如玩忽职守、造成重大安全事故等），还可能面临刑事责任的追究。
法律建议：
- 对于药品经营企业而言，应确保企业负责人在岗履行职责，保障企业合规运营和药品质量安全。若企业负责人因特殊原因需长期不在岗，应提前向药品监管部门报告，并安排合适的人员代行其职责。
- 对于企业负责人而言，应严格遵守劳动合同和岗位职责要求，确保在岗履行职责。若因特殊原因需长期不在岗，应与企业协商并达成一致意见，同时向药品监管部门报告相关情况。
可能后果：
- 若企业负责人长期不在岗导致企业违规运营或药品质量安全问题，企业可能面临药品监管部门的处罚，包括罚款、吊销药品经营许可证等。
- 若企业负责人的行为构成违法犯罪，还可能面临刑事责任的追究，如有期徒刑、罚金等。
综上所述，药品经营企业的企业负责人长期不在岗是否违法，需结合具体情况及相关法律法规来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。