关于“药品批发公司主要负责人长期不上班可否停业整顿”的问题，首先我们要明确的是，药品批发公司的运营需要严格遵守相关法律法规，确保药品的安全和有效。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国药品管理法》及相关地方性规定（如山东省药监局的《山东省药品经营企业长期停业和恢复经营监督管理规定》），药品经营企业需遵守一定的经营管理规范。
   • 若企业未遵守药品经营质量管理规范，情节严重的，可依据《药品管理法》第一百二十六条的规定，责令停产停业整顿。

2. 主要负责人长期不上班的影响：

   • 主要负责人长期不上班可能导致企业管理混乱，进而影响药品的质量和安全。
   • 若因此导致药品流失、质量不合格或其他违法行为，将严重危及公众用药安全。

3. 停业整顿的触发条件：

   • 通常，停业整顿是作为企业违反法律法规、管理不善或存在严重安全隐患时的处罚措施。
   • 具体到主要负责人长期不上班的情况，若该行为导致企业无法正常运行或违反相关法律法规，监管部门有权责令其停业整顿。

4. 建议与措施：

   • 药品批发公司应建立健全的管理制度，确保主要负责人的在岗时间和职责履行。
   • 若主要负责人因故长期无法上班，公司应及时向监管部门报告，并采取相应的管理措施，确保企业的正常运行和药品的安全。
   • 监管部门也应加强对药品批发公司的监督检查，对存在违法违规行为的企业依法进行处罚。

综上所述，药品批发公司主要负责人长期不上班，若因此导致企业管理混乱、药品质量不合格或违反相关法律法规，监管部门有权责令其停业整顿。因此，建议药品批发公司加强内部管理，确保主要负责人的在岗时间和职责履行，以维护药品的安全和有效。