结论前置：公司在休息日扣工资的行为，除特定合法情形外，通常是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析：
一、法律依据与通常不合法的原因
法律依据明确：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条规定，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。这意味着，在正常的休息日（如周末或法定节假日），员工有权享受带薪休假，用人单位不得无故扣减工资。
- 同时，《中华人民共和国劳动法》第九十一条规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。这进一步强调了用人单位不得随意扣减员工工资的法律责任。
正常休息日不得扣工资：
- 按照职工工作时间的规定，企业应当保证员工的休息日，每周工作时间不超过40小时。在正常的休息日，员工有权休息并享受带薪待遇，这是员工的合法权益，用人单位应当予以尊重和保护。
二、可能合法的特殊情况
尽管通常情况下休息日扣工资不合法，但也存在某些特殊情况下扣减工资可能具有合法性：
员工请事假：
- 若员工在休息日向公司请事假并获得批准，公司可以按照规章制度扣除事假期间的工资。这要求公司有明确的请假制度，并且该制度已向员工公示，员工在请假时应当了解并接受这一规定。
与加班调休相关：
- 如果员工之前在休息日加班，公司安排了调休但员工拒绝或不配合调休安排，公司可能根据明确的加班和调休制度进行适当工资调整。但这需要公司有明确的加班和调休规定，并已提前告知员工，确保员工的知情权。
经济赔偿：
- 在某些特殊情况下，如员工违反企业管理制度并给企业造成经济损失，用人单位可以要求员工赔偿经济损失，并从其工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这是为了保护员工的合法权益，防止用人单位过度扣减工资。
三、维权途径与建议
如果员工认为公司在休息日扣工资的行为不合法，侵害了自身权益，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
沟通协商：
- 首先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣工资的原因并提供相应依据。通过沟通协商，往往可以解决问题，避免不必要的法律纠纷。
投诉举报：
- 如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉举报，寻求政府部门的帮助。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，保护员工的合法权益。
劳动仲裁与诉讼：
- 如果投诉也无法解决问题，可以向劳动仲裁委员会申请仲裁。对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。通过法律途径维护自己的权益，虽然可能耗时较长，但具有强制性和权威性。
综上所述，公司在休息日扣工资的行为，除非符合特定的合法情形，否则均属违法。作为员工，应当充分了解自己的权益，并在权益受损时及时采取措施维护自身合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。