工厂两班倒的工时是否算12小时，以及这种工作制度是否合法，需根据具体情况及工时制度来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、工时计算
工厂两班倒，通常意味着员工被分为两个班次，轮流工作。如果每个班次的工作时间是12小时，那么从字面上理解，这种工作制度下员工每天的工作时间就是12小时。但关键在于，这种长时间的工作是否符合法律法规的规定。
二、合法性分析
标准工时制：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条和《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时（后修改为四十小时）的工时制度。
- 若工厂未经劳动行政部门批准，直接安排员工每天工作12小时，且未合理安排调休或支付加班费，这种做法是违法的。
综合计算工时工作制：
- 对于部分因工作性质特殊需连续作业或受季节及自然条件限制的行业，可以实行综合计算工时工作制。
- 在此制度下，企业需在综合计算周期内（如周、月、季、年等）确保总实际工作时间不超过总法定标准工作时间。例如，以月为周期，则一个月总的法定标准工作时间约为166.64小时（若按每周40小时计算，则约为173.33小时，但具体可能因地区和具体规定而异）。
- 如果工厂确保了综合计算周期内的总工作时间不超标，并且经过了劳动行政部门的审批，那么某一天工作12小时可能是合法的。但需注意，法定节假日工作的，应按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付工资报酬。
不定时工作制：
- 对于企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员等因工作无法按标准工作时间衡量的职工，可以实行不定时工作制。
- 此制度同样需要经过劳动行政部门的审批。对于实行不定时工作制的员工，企业通常不需要按照标准工时制支付加班费，但需合理安排员工的工作和休息时间。
- 在不定时工作制下，虽然工厂可能不需要支付加班费，但仍需确保员工的休息权利，并在法定节假日工作时参照当地规定执行。
三、法律建议
对于工厂：
- 在实行两班倒工作制度前，应仔细评估是否符合劳动法的相关规定，特别是关于工作时间、休息休假和加班费支付的规定。
- 如需实行特殊工时制度（如综合计算工时工作制或不定时工作制），应提前向劳动行政部门提出申请并获得批准。
- 合理安排员工的工作和休息时间，确保员工的身心健康和合法权益。
对于员工：
- 密切关注自己的工作时间和权益保障情况，如有疑问或发现权益受损，应及时向工厂提出或咨询专业律师。
- 保留好相关证据（如考勤记录、工资单等），以便在主张权益时能得到支持。
总结来说，工厂两班倒的工时是否算12小时，取决于具体的班次安排。而这种工作制度是否合法，则取决于是否符合劳动法的相关规定以及是否获得了必要的审批。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。