结论：企业以未签合同为由否认您九八年至二000年期间是正式工的做法，一般是不合法的。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律背景与规定
事实劳动关系的认定：
- 根据《劳动法》及相关规定，即使未签订书面劳动合同，只要劳动者实际提供了劳动，且用人单位接受了劳动成果，双方之间就形成了事实劳动关系。您在九八年至二000年期间在央企工作，如果确实提供了劳动，且企业接受了您的劳动，那么您与企业之间就存在事实劳动关系。
未签劳动合同的法律后果：
- 在《劳动合同法》实施前（该法于2008年1月1日起施行），对于未签订书面劳动合同的情况，法律并未规定具体的处罚措施或赔偿标准。但《劳动法》明确规定了劳动者享有取得劳动报酬、休息休假、获得劳动安全卫生保护等权利，这些权利并不因未签订书面劳动合同而丧失。
- 即便在《劳动合同法》实施后，对于未签订书面劳动合同的情况，法律也规定了用人单位需支付双倍工资等处罚措施，但这并不影响事实劳动关系的认定。
二、企业行为的合法性分析
企业否认正式工身份的依据不足：
- 企业以未签合同为由否认您是正式工，这一做法缺乏法律依据。如前所述，未签合同并不影响事实劳动关系的认定。企业若要否认您的正式工身份，需提供其他证据，如您未实际提供劳动、存在违反企业规章制度等行为，且这些行为足以导致企业解除劳动关系。
企业可能面临的法律责任：
- 如果企业无法提供充分证据否认您的事实劳动关系，且您能够提供工作证、工资条、同事证言等证据证明您在该期间确实为企业提供了劳动，那么企业可能面临支付未签合同期间的双倍工资（如适用《劳动合同法》）、补缴社会保险等法律责任。不过，由于您的情况发生在《劳动合同法》实施前，双倍工资的处罚可能不适用，但补缴社会保险等责任仍可能存在。
三、您的权益保护建议
收集证据：
- 您应尽快收集能够证明您在九八年至二000年期间在央企工作的证据，如工作证、工资条、同事证言、工作记录等。这些证据将有助于您证明事实劳动关系的存在。
与企业协商：
- 在收集到足够证据后，您可以尝试与企业进行协商，要求企业承认您在该期间的事实劳动关系，并补缴社会保险等。如果企业同意协商并达成一致意见，您可以签订书面协议以明确双方的权利义务。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果企业拒绝承认您的事实劳动关系或拒绝履行相关义务，您可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，您需要提交收集到的证据以支持您的主张。
最后，我理解这类问题可能涉及到您的重要权益，如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。