结论：公司通过商业保险报销工伤医药费是否合法，需分情况讨论，关键在于是否影响员工依法享受工伤保险待遇。

1. 若公司已依法缴纳工伤保险，商业保险仅作为补充，合法但需注意边界

根据《工伤保险条例》，工伤保险是法定强制保险，由用人单位缴纳，员工发生工伤后，医药费、伤残补助等应由工伤保险基金支付。若公司额外购买商业保险（如雇主责任险、团体意外险），其目的通常是补充工伤保险的不足（如报销自费部分、提供额外赔偿），此时：

• 合法性：商业保险报销不违反法律，但需明确保险性质。若保险金直接支付给员工，属于公司福利；若公司要求员工将保险金转交公司以抵扣工伤保险待遇，则涉嫌违法（因工伤保险待遇是员工法定权利，不可通过协议免除）。
  
• 风险提示：公司不得以商业保险替代工伤保险，否则员工仍有权要求公司补缴工伤保险并支付相应待遇，公司还可能面临行政处罚（《社会保险法》第84条）。

2. 若公司未缴纳工伤保险，试图用商业保险完全替代，违法

根据《社会保险法》第41条，用人单位未缴纳工伤保险的，员工工伤待遇由公司全额承担。此时：

• 违法性：公司用商业保险报销医药费，本质是逃避法定责任。即使商业保险能覆盖部分费用，员工仍有权要求公司支付工伤保险范围内的全部待遇（如医疗费、停工留薪期工资、伤残补助等），且公司可能被社保部门责令补缴工伤保险并加收滞纳金。
  
• 员工权利：员工可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁要求公司承担工伤保险责任，同时保留追究商业保险合同效力的权利（如保险是否覆盖全部工伤项目）。

3. 关键区分点：商业保险的性质与用途

• 雇主责任险：保险标的为公司责任，理赔款通常支付给公司，用于补偿公司因工伤承担的赔偿（如工伤保险未覆盖部分）。若公司用此险种报销医药费后，仍依法支付工伤保险待遇，则合法；若抵扣工伤保险待遇，则违法。
  
• 团体意外险：保险标的为员工人身，理赔款直接支付给员工，属于员工个人收益。公司不得要求员工将此款用于报销医药费，否则可能涉嫌侵犯员工财产权。

4. 实务建议

• 对员工：若公司未缴工伤保险，无论是否购买商业保险，均可主张工伤保险待遇；若已缴工伤保险，商业保险报销部分可视为额外福利，但需确认公司是否以此为由减少法定待遇。
  
• 对公司：商业保险可作为风险分担工具，但不可替代工伤保险；建议明确保险条款，避免与员工产生纠纷。

如有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我咨询，我会结合细节进一步解答。