劳动合同中仅约定加班费基数，并不直接构成违法，但需满足一定条件且不能违反相关法律法规的强制性规定。以下从多个角度进行详细分析：
一、加班费基数的约定原则
合法性原则：加班费基数的约定必须遵守国家法律法规的强制性规定。根据《劳动法》及相关规定，加班费基数通常应不低于劳动者正常工作时间工资的某一比例（如不低于工资的150%、200%或300%，具体取决于加班类型）。如果劳动合同中约定的加班费基数低于这一法定标准，则该约定无效，劳动者有权要求按照法定标准支付加班费。
公平合理原则：加班费基数的约定应体现公平合理，不得损害劳动者的合法权益。如果约定的加班费基数明显低于劳动者的实际工资水平，或者与同行业、同岗位的平均工资水平相差悬殊，可能被视为不公平、不合理的约定，从而引发劳动争议。
二、仅约定加班费基数的合法性分析
不违反强制性规定：如果劳动合同中仅约定了加班费基数，且该基数不低于法定标准，同时没有违反其他强制性规定（如最低工资标准等），则该约定本身并不违法。
需考虑其他合同条款：然而，仅约定加班费基数可能不足以全面规范加班事宜。劳动合同中还应明确加班的条件、程序、时限以及加班费的支付方式等。如果劳动合同中缺乏这些关键条款，可能导致加班事宜的约定不明确，从而引发争议。
三、法律建议
完善劳动合同条款：为了避免劳动争议，建议用人单位在劳动合同中全面、明确地约定加班事宜，包括加班费基数、加班条件、加班程序、加班时限以及加班费的支付方式等。
遵守法定标准：在约定加班费基数时，用人单位应确保该基数不低于法定标准，以维护劳动者的合法权益。
及时沟通协商：如果劳动者对加班费基数有异议，用人单位应及时与劳动者进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。
四、可能的法律后果
加班费支付争议：如果劳动合同中约定的加班费基数低于法定标准或存在其他不公平、不合理的情形，劳动者有权要求用人单位按照法定标准支付加班费，并可能引发劳动争议。
行政处罚：如果用人单位违反相关法律法规的强制性规定，如低于最低工资标准支付加班费等，可能面临劳动行政部门的行政处罚。
综上所述，劳动合同中仅约定加班费基数并不直接构成违法，但需满足一定条件且不能违反相关法律法规的强制性规定。为了维护劳动关系的和谐稳定，建议用人单位在劳动合同中全面、明确地约定加班事宜，并遵守法定标准支付加班费。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。