结论：劳动合同中约定加班费基数为工资的百分之50，这一做法是否违法，需结合具体情况判断，一般情况下，若该约定低于法定标准或未遵循法定计算方式，则违法。以下从不同角度详细分析：

一、法定加班费计算标准

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费的计算基数通常应为劳动者正常工作时间下的工资收入，且加班费的支付标准根据加班时间的不同而有所区别：

1. 工作日加班：支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日加班：若不能安排补休，则支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定节假日加班：支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

若劳动合同中约定的加班费基数为工资的百分之50，显然低于上述法定标准，因此该约定违法。

二、劳动合同约定的效力

劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。虽然劳动合同双方可以在一定范围内自主约定加班费的计算方式，但这种约定必须遵循法律法规的强制性规定，不得损害劳动者的合法权益。

若劳动合同中的加班费基数约定违反了法定标准，该约定无效。用人单位应按照法定标准支付加班费，劳动者也有权要求用人单位按照法定标准支付。

三、实际操作中的注意事项

1. 核查工资构成：在判断加班费基数是否合法时，需首先明确劳动者的工资构成，包括基本工资、奖金、津贴等，以确定加班费的计算基数。
2. 保留证据：劳动者应保留好与加班相关的证据，如加班记录、工资条等，以便在发生争议时证明自己的加班时间和应得的加班费。
3. 协商与投诉：若发现用人单位支付的加班费低于法定标准，劳动者可先与用人单位协商解决；协商不成的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

四、特殊情况下的加班费计算

在某些特殊情况下，如实行不定时工作制或综合计算工时工作制的劳动者，其加班费的计算方式可能有所不同。但即便如此，用人单位也应确保加班费的支付不低于法定最低标准，并遵循相关法律法规的规定。

建议：若您对劳动合同中的加班费基数约定有疑问，或发现用人单位支付的加班费低于法定标准，请及时向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。