约定加班工资基数是否合法，需根据具体情况判断，但通常只要不违反法律法规强制性规定且公平合理，即为合法。以下从不同角度为你详细分析，并提供相关案例参考：
合法情形
符合法律法规规定：
- 加班工资基数的约定不得低于当地最低工资标准，这是法律的红线。例如，若当地最低工资标准为每月2000元，那么约定的加班工资基数就不能低于这个数额。
- 约定的加班工资基数应反映劳动者正常工作时间内提供劳动的劳动报酬情况，不得畸低于劳动者正常工作时间工资标准。
双方平等自愿、协商一致：
- 加班工资基数的约定应是用人单位与劳动者平等协商的结果，任何一方不得强迫另一方接受不合理的约定。
- 劳动者在签订合同时，应充分了解加班工资基数的约定内容，并确保该约定是其真实意思的表示。
未导致显失公平：
- 约定的加班工资基数不应导致显失公平，即劳动者在签订合同时未受迫于用人单位的优势地位或自身缺乏经验。
- 如果约定明显不合理，严重损害劳动者利益，该约定可能被认定为无效。
案例参考：
- 某公司与员工在劳动合同中明确约定，加班工资计算基数为员工的基本工资，且该基本工资不低于当地最低工资标准。同时，该约定是双方平等自愿、协商一致的结果，未导致显失公平。在此情况下，该约定是合法的。
不合法情形
违反法律强制性规定：
- 如果约定的加班工资基数低于当地最低工资标准，或者畸低于劳动者正常工作时间工资标准，则这种约定不合法。
- 例如，若当地最低工资标准为每月2000元，但用人单位与劳动者约定的加班工资基数仅为1500元，则该约定无效。
显失公平：
- 用人单位利用其优势地位或劳动者缺乏经验等情形，使劳动者在违背真实意思的情况下约定加班工资基数，且该约定明显对劳动者不利，可能因显失公平而被认定为无效。
- 例如，用人单位在劳动合同中约定加班工资基数为极低的数额，且未与劳动者进行充分协商，劳动者在签订合同时处于被动地位，这种约定可能因显失公平而被撤销。
未明确约定或约定不明确：
- 如果双方未约定加班工资计算基数，或者约定不明确，导致在实际操作中产生争议，此时应按照劳动者正常工作时间应得工资来确定加班工资基数。
- 例如，劳动合同中仅约定“加班工资按公司规定执行”，但公司规定不明确或未向劳动者公示，这种约定可能被视为无效。
案例参考：
- 某公司与员工在劳动合同中未明确约定加班工资计算基数，且公司规章制度中也没有相关规定。后来，因加班工资问题产生争议，法院最终按照员工正常工作时间应得工资确定了加班工资基数。
实际操作建议
明确约定加班工资基数：
- 用人单位与劳动者在签订劳动合同时，应明确约定加班工资的计算基数和计算方式，以避免后续可能产生的争议。
- 约定应采用书面形式，并在劳动合同中进行详细明确的条款约定。
遵守法律法规规定：
- 约定的加班工资基数不得低于当地最低工资标准，也不得畸低于劳动者正常工作时间工资标准。
- 用人单位应定期审查和调整相关约定，以确保其符合最新的法律法规要求。
保障劳动者权益：
- 劳动者如认为自己的加班工资计算方式存在问题，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助来维护自己的合法权益。
- 用人单位应尊重劳动者的权益，不得利用优势地位或劳动者缺乏经验等情形损害劳动者利益。
综上所述，约定加班工资基数的合法性需根据具体情况来判断。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到保障。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。