结论前置：请假扣工资是扣基本工资还是综合工资，并没有一个固定的答案，而是需要根据请假类型、公司规章制度以及劳动合同的具体约定来综合确定。在大多数情况下，扣款基准是基本工资，但在某些特殊情况下，可能会涉及综合工资。
一、不同请假类型的扣款方式
事假：
- 事假期间，员工未提供劳动，用人单位通常会扣除相应工资。
- 扣除标准可能依据劳动合同和单位规章制度，有的单位按基本工资扣除，有的则可能按综合工资扣除。
- 示例：若员工月基本工资为3000元，综合工资（含奖金、津贴等）为5000元，请事假1天，若按基本工资扣除，则扣款为3000元/月计薪天数（通常按21.75天计算，具体根据单位规定）；若按综合工资扣除，则扣款为5000元/月计薪天数。
病假：
- 病假期间，企业应按规定支付病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。
- 病假工资的计算基数可能依据劳动合同约定，可能是基本工资，也可能是包含一定奖金、津贴的综合工资。
法定节假日、年假、探亲假、婚丧假等带薪假：
- 在这些法定带薪假期内，用人单位应当按照正常出勤支付工资，不存在扣工资的情况。
二、公司规章制度与劳动合同的约定
公司规章制度：
- 用人单位有权根据自身情况制定规章制度，明确请假扣工资的计算方式。
- 规章制度必须经过民主程序制定并向劳动者公示，且内容需符合法律法规。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
- 若劳动合同中对请假扣工资有特别约定，应遵循合同约定。合同约定模糊或有争议时，双方应协商解决；协商不成，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
三、法律法规依据
《中华人民共和国劳动法》：
- 工资分配遵循按劳分配原则，实行同工同酬。
- 用人单位有权依法自主确定工资分配方式和水平，但需在遵守法律法规的前提下制定扣款规定。
最低工资保障：
- 无论按基本工资还是综合工资扣除，扣除后的工资均不得低于当地最低工资标准，以保障劳动者基本生活需要。
四、实践建议
了解公司政策：
- 员工在请假前应了解公司的请假扣工资政策，包括扣款基准、计算方式等。
审查劳动合同：
- 签订劳动合同时，应仔细审查相关条款，特别是关于请假扣工资的约定。
沟通询问：
- 对扣薪方式有疑问或认为不合理时，应与人力资源部门沟通，明确公司规定和计算方法。
合法维权：
- 若认为公司扣薪行为违法或违反劳动合同约定，可向当地劳动行政管理部门投诉举报，或申请劳动仲裁，寻求合法解决方案。
总结：请假扣工资是扣基本工资还是综合工资，需综合考虑请假类型、公司规章制度以及劳动合同的具体约定。员工应充分了解公司政策，并在必要时采取合法措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。