结论：公司规定年休假不得与法定休假日3天以上一并休，这一规定在法律上是没有依据的，员工有权根据自身情况合理安排年休假。
法律背景与解释：
年休假的法律规定：
- 根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在连续工作1年以上的，享受带薪年休假。年休假的天数根据职工的工作年限确定，从5天到15天不等。
- 年休假是职工的合法权益，职工有权自主安排年休假的时间，只要符合单位的生产、工作具体情况，并经过单位的同意即可。
公司规定的合法性分析：
- 公司作为用人单位，虽然有权制定内部规章制度，但这些规章制度必须符合法律法规的规定，不得侵犯职工的合法权益。
- 公司规定年休假不得与法定休假日3天以上一并休，这一规定限制了职工对年休假的自主安排权，且没有法律依据，因此是违法的。
员工的权利与应对措施：
- 员工有权拒绝执行公司这一违法的规定，并可以根据自身情况合理安排年休假。
- 如果公司因此拒绝批准员工的年休假申请，或者对员工进行处罚，员工可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
建议与注意事项：
与公司沟通：
- 在申请年休假前，员工可以先与公司进行沟通，了解公司的具体规定和流程，以便更好地安排自己的休假时间。
- 如果公司坚持执行违法的规定，员工可以明确表达自己的立场，并引用相关法律法规进行说明。
保留证据：
- 在与公司沟通的过程中，员工应保留好相关的证据，如邮件、聊天记录、书面通知等，以便在需要时证明自己的权益。
寻求法律援助：
- 如果员工在维护自己权益的过程中遇到困难，或者公司拒绝改正违法的规定，员工可以寻求法律援助，向专业的律师咨询并寻求帮助。
可能的法律后果：
- 如果公司坚持执行违法的规定，并因此侵犯了员工的合法权益，公司可能会面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
- 员工也有权通过法律途径维护自己的权益，如申请劳动仲裁、提起诉讼等，要求公司承担相应的法律责任。
总之，公司规定年休假不得与法定休假日3天以上一并休是没有法律依据的，员工有权根据自身情况合理安排年休假。如果遇到公司拒绝批准或处罚的情况，员工应积极维护自己的权益，必要时寻求法律援助。有问题可以直接向我咨询。