结论前置：加班时间按季度结算加班费，在大多数情况下是不合法的，但若满足特定条件则可能合法。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的不合法性
法律法规要求：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。加班费作为工资的一部分，也应当按月支付。
- 《工资支付暂行规定》第七条也明确规定，工资至少每月支付一次，这进一步强调了工资（包括加班费）应按月支付的原则。
实际操作中的问题：
- 如果加班费按季度结算，可能导致劳动者在较长时间内无法获得应得的加班报酬，从而影响其生活质量和经济状况。
- 此外，这种结算方式也可能增加用人单位拖欠或克扣加班费的风险，损害劳动者的合法权益。
二、特殊情况下的合法性
劳动合同或公司规章制度的约定：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了加班费可以按季度结算，并且这一约定得到了双方的认可，同时不违反法律法规的强制性规定，那么该约定是有效的。
- 同样，公司规章制度中也可以对加班费的发放周期进行规定，但需确保不违反法律法规，并保障劳动者的合法权益。
综合计算工时工作制：
- 经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的用人单位，可以在综合计算周期内（如季度、半年等）灵活安排工作时间。但总实际工作时间不应超过法定标准，超出部分应视为延长工作时间，并按规定支付加班费。
- 在这种情况下，如果用人单位与劳动者协商一致，且确保劳动者的合法权益不受损害，加班费按季度结算可能是合法的。
三、加班费支付标准与计算
支付标准：
- 延时加班：按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。
- 休息日加班：若不能安排补休，按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的200%支付加班费。
- 法定节假日加班：按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。
计算方式（以延时加班为例）：
- 假设劳动者的小时工资为X元，延时加班了Y小时，则加班费为：\(X \times 150\% \times Y\)元。
- 类似地，可以计算出休息日加班和法定节假日加班的加班费。
四、劳动者权益保护与建议
了解权益：
- 劳动者应了解自己的权益，包括加班费的支付标准、支付周期等，以便在遇到问题时能够依法维护自己的合法权益。
协商与投诉：
- 如果用人单位未按时支付加班费或存在其他违法行为，劳动者首先应与用人单位协商解决。
- 协商不成时，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，通过劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益。
保留证据：
- 劳动者在加班时应保留好相关证据，如加班记录、工资条等，以便在需要时能够证明自己的加班情况和加班费支付情况。
总结与建议：加班时间按季度结算加班费在大多数情况下是不合法的，但若满足特定条件则可能合法。劳动者应了解自己的权益，并在遇到问题时依法维护自己的合法权益。如果用人单位存在违法行为，劳动者可以通过协商、投诉或法律途径来解决问题。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。