结论：法定节假日的加班费按照时间计算是否合法，关键在于是否按照法律规定支付了不低于工资百分之三百的工资报酬，不能通过抵扣平时加班时间来计算法定节假日的加班费，这种做法是不合法的。以下从多个角度进行分析：

一、法定节假日加班工资的性质与法律规定

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条第三项的规定，法定休假日安排劳动者工作的，用人单位应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。法定节假日是法律法规明确规定的劳动者休息时间，具有不可替代性。加班工资是对劳动者在法定休息日牺牲休息时间工作的一种额外补偿，体现了对劳动者权益的保护和对法定节假日的尊重。

二、平时加班与法定节假日加班的区别

1. 加班时间的性质不同：

   • 平时加班：通常指在正常工作日延长工作时间或者在休息日（非法定节假日）安排工作。
   • 法定节假日加班：指在全体公民放假的节日期间安排工作，这些节日具有特殊的社会意义和文化价值。

2. 加班工资的标准不同：

   • 平时加班：用人单位需支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；若是在休息日（非法定节假日）安排工作且不能安排补休，则需支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
   • 法定节假日加班：用人单位需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，且不得通过抵扣平时加班时间来规避这一支付义务。

三、抵扣平时加班时间的合法性分析

1. 法定节假日的不可抵扣性：用人单位在法定节假日应当依法安排劳动者休假，不得擅自改变其休假性质，将其用作抵扣平时工作时间或平时加班时间。

2. 加班费的独立性：加班费是劳动者按照用人单位生产和工作的需要在规定工作时间之外继续生产劳动或者工作所获得的报酬，是独立的劳动报酬。公司不能以任何理由抵扣加班费，包括节假日放假或其他形式的补偿。

四、劳动者权益保护与法律救济

1. 权利主张：劳动者在遇到用人单位试图通过抵扣平时加班时间来规避法定节假日加班工资支付的情况时，有权要求用人单位按照法律规定支付加班费或安排休假。

2. 法律救济：如果用人单位拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬，劳动者可以向劳动行政部门投诉。劳动行政部门将责令用人单位支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。

五、具体计算方式（以月工资为例）

假设劳动者的月工资为W元，法定节假日加班天数为D天，每日工作时间为8小时（标准工作时间），则法定节假日加班工资的计算公式为：

\(法定节假日加班工资 = W \div 21.75 \times D \times 300\%\)

其中，21.75是月平均计薪天数（根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》得出）。例如，如果劳动者的月工资为5000元，法定节假日加班1天，则其应得的法定节假日加班工资为：

\(5000 \div 21.75 \times 1 \times 300\% \approx 689.66元\)

总结与建议：

用人单位应当严格遵守劳动法律法规，确保在法定节假日期间依法支付劳动者的加班工资，不得通过抵扣平时加班时间来规避法律责任。劳动者也应了解自己的合法权益，并在必要时采取法律手段维护自身权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。