加班费按季度发放，在大多数情况下是不合法的，但也有特殊情况可能合法。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的不合法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。加班费作为工资的一部分，也应当遵循这一原则。
- 《工资支付暂行规定》第七条也明确规定，工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。这进一步强调了工资（包括加班费）应按月支付的原则。
分析说明：
- 加班费是基于劳动者的月工资标准和加班小时数来计算的，它应当计入劳动者当月的工资总额，并按时（通常按月）支付。
- 按季度发放加班费违反了上述法律规定，可能构成对劳动者权益的侵害。用人单位可能因此面临劳动行政部门的责令限期支付以及逾期不支付时的加付赔偿金处罚。
二、特殊情况下的合法性
法律依据与约定：
- 虽然一般情况下加班费应按月支付，但如果用人单位与劳动者在劳动合同、集体合同或通过其他民主协商程序中明确约定了加班费可以按季度结算，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么按季度结算加班费可能是合法的。
- 这种约定必须事先已经知会了劳动者，并确保不会损害劳动者的合法权益。例如，用人单位可能因生产经营特点或资金周转需要，与劳动者协商一致后按季度发放加班费。
实际操作中的注意事项：
- 即使存在这样的约定，用人单位也必须准确核算劳动者的加班时间和加班费用，确保足额支付。
- 用人单位应确保这一约定不会给劳动者带来经济压力或影响其正常生活。
三、劳动者权益保护与建议
劳动者角度：
- 劳动者应了解自己的权益，明确加班费应按月支付的法律要求。
- 如果用人单位提出按季度发放加班费，劳动者应仔细审查劳动合同或相关约定，确保自己的权益不受损害。
- 如沟通无果或发现用人单位存在违法行为，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
用人单位角度：
- 用人单位应严格遵守劳动法规定，按时足额支付劳动者加班费。
- 如遇特殊情况需延期支付或按季度支付，应与劳动者充分沟通并取得其理解与支持，同时确保不违反法律法规的强制性规定。
总结来说，加班费按季度发放是否合法，取决于劳动合同中的约定、公司规章制度的规定以及法律法规的要求。在大多数情况下，加班费应当按月支付；但在特殊情况下，如果用人单位与劳动者通过合法程序协商一致且不违反法律法规的强制性规定，按季度结算加班费可能是合法的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。