加班费一季度发一次，在大多数情况下是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与解读
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。加班费作为工资的一部分，也应当遵循这一原则，即应按月支付。
《工资支付暂行规定》第七条：
- 工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付，如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，这进一步强调了工资（包括加班费）应按月支付的原则。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：
- 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这同样适用于加班费的支付，要求用人单位按时足额支付。
二、加班费季度发放的合法性分析
一般情况下的不合法性：
- 在大多数情况下，加班费应当按月支付，因为劳动者的工资是按月支付的，且加班费应计入当月的工资总额。按季度发放加班费违反了《劳动法》和《工资支付暂行规定》的相关规定，可能构成对劳动者权益的侵害。
特殊情况下的合法性探讨：
- 虽然一般情况下不合法，但如果用人单位与劳动者在劳动合同、集体合同或通过其他民主协商程序中明确约定了加班费可以按季度结算，且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时确保不会损害劳动者的合法权益，那么按季度结算加班费可能是合法的。但这种情况较为特殊，且需要满足严格的条件。
三、实际操作中的注意事项与建议
准确核算加班时间和费用：
- 无论加班费是按月还是按季度发放，用人单位都必须准确核算劳动者的加班时间和加班费用，确保足额支付。这是用人单位的基本义务，也是保障劳动者权益的重要措施。
保障劳动者权益：
- 即使劳动合同或公司规章制度中有关于加班费季度发放的约定，用人单位也必须确保这一约定不损害劳动者的合法权益。例如，避免因发放周期过长而导致劳动者承受经济压力。
法律途径维权：
- 如果用人单位未按时支付加班费或存在其他违法行为，劳动者有权通过劳动监察投诉、劳动仲裁等法律途径维护自身合法权益。在维权过程中，劳动者应保留好相关证据，如加班记录、工资条等，以便在需要时提供证明。
四、可能面临的法律后果
- 如果用人单位未按时支付加班费，可能面临劳动行政部门的责令限期支付以及逾期不支付时的加付赔偿金处罚。此外，长期不支付或延迟支付加班费还可能引发劳动纠纷，损害用人单位与劳动者之间的信任关系，甚至影响用人单位的声誉和业务发展。
总结与建议：
在大多数情况下，加班费应当按月支付。如果用人单位希望按季度发放加班费，必须与劳动者进行充分沟通并取得其理解与支持，同时确保这一约定不违反法律法规的强制性规定且不会损害劳动者的合法权益。对于劳动者而言，应了解自己的权益并依法维权；对于用人单位而言，应严格遵守劳动法规定并按时足额支付劳动者加班费。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。