关于季度工时制加班费是否按季度发放的问题，这主要取决于用人单位的规章制度、与劳动者的约定以及相关法律法规的规定。

首先，从法律法规的角度来看，《中华人民共和国劳动法》规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。加班费作为劳动者工资的一部分，也应当遵循这一原则。虽然法律并未明确规定加班费的结算周期，但根据《工资支付暂行规定》，工资至少每月支付一次，因此，加班费也应当至少每月支付一次，而不是按季度或其他较长周期结算。

然而，在实际操作中，如果用人单位的规章制度中明确规定了按季度或其他周期结算加班费，并且该规定是通过民主程序制定、内容合法且已向劳动者公示，或者双方劳动合同中有此约定，那么这种做法是合法的。但这种情况下，也必须确保加班费的支付不会拖欠，且符合劳动法律法规的其他要求。

另外，对于经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的用人单位，它们可以在综合计算周期内（如季度、半年等）灵活安排工作时间。但总实际工作时间不应超过法定标准，超出部分应视为延长工作时间，并按规定支付加班费。这种制度下，虽然工作时间可以在综合计算周期内灵活安排，但加班费的支付仍然需要遵循相关法律法规的规定。

总的来说，加班费的支付周期并非固定按季度结算，而是需遵循用人单位的规章制度、劳动合同约定及法律法规的要求。同时，无论采用何种结算周期，都必须确保加班费能够及时、足额地支付给劳动者，以保障其合法权益不受侵害。如果遇到用人单位不合理结算或拖欠加班费的情况，劳动者应当积极维护自己的权益，通过协商、投诉、劳动仲裁等方式来寻求解决方案。