公司加班按次计算是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 加班费的计算依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，加班费的支付与加班的具体情形相关，而非单纯按次计算。具体来说：
     • 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
     • 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
     • 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 因此，加班费的计算应基于加班的具体时间（如延长工作时间、休息日、法定休假日）和加班时长，而非简单的按次计算。

2. 公司加班按次计算的合法性分析：

   • 如果公司所谓的“按次计算”加班费，实际上是根据加班的具体时间和时长，按照劳动法规定的标准进行计算，只是表述方式上的简化，那么这种计算方式在实质上是合法的。
   • 如果公司所谓的“按次计算”加班费，是固定每次加班支付一定金额的费用，而不考虑加班的具体时间和时长，以及是否符合劳动法规定的加班费支付标准，那么这种计算方式可能是违法的。因为它可能无法确保劳动者在加班时获得应有的工资报酬，特别是当加班时间较长或发生在法定休假日时。

3. 建议与注意事项：

   • 对于劳动者而言，应了解自己的加班情况和加班费支付情况，确保公司按照劳动法规定的标准支付加班费。如果发现公司存在违法支付加班费的情况，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
   • 对于公司而言，应遵守劳动法的相关规定，确保加班费的支付合法合规。如果采用按次计算加班费的方式，应确保这种计算方式能够准确反映加班的具体时间和时长，并符合劳动法规定的加班费支付标准。

总结来说，公司加班按次计算是否合法，取决于这种计算方式是否能够准确反映加班的具体时间和时长，并符合劳动法规定的加班费支付标准。如果无法确保这一点，那么这种计算方式可能是违法的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。