关于单位查询员工医疗检测单是否合法的问题，这主要涉及到员工的个人信息权益和隐私权保护，以及单位在管理过程中的合法权限。以下是对此问题的详细分析：

首先，我们需要明确的是，员工的医疗检测单属于其个人信息和隐私的范畴。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人的个人信息受法律保护，任何组织或者个人需要获取他人个人信息的，应当依法取得并确保信息安全，不得非法收集、使用、加工、传输他人个人信息。同时，自然人也享有隐私权，任何组织和个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。

对于单位而言，其并没有直接查询员工医疗检测单的合法权限，除非得到员工的明确同意或者法律另有规定。单位在管理过程中，应当尊重和保护员工的个人信息权益和隐私权，避免非法收集、使用、传输、提供或公开员工的个人信息及隐私。

如果单位需要了解员工的健康状况或病情，应当通过合法、正当的途径进行，比如要求员工提供正规的医疗证明或病假条，而不是直接查询员工的医疗检测单。同时，单位在制定相关规章制度时，也应当遵循公平性、合理性、便利性等原则，不得过分干涉员工的就医自主权。

此外，如果单位未经员工同意或法律授权，擅自查询员工的医疗检测单，可能构成对员工个人信息权益和隐私权的侵害，需要承担相应的法律责任。这包括但不限于向员工进行书面赔礼道歉、赔偿精神损害抚慰金等。

综上所述，单位在没有得到员工明确同意或法律另有规定的情况下，查询员工医疗检测单是不合法的。单位在管理过程中应当尊重和保护员工的个人信息权益和隐私权，通过合法、正当的途径了解员工的健康状况或病情。如果员工拒绝提供相关信息或病假条，单位应当通过沟通、协商等方式解决，而不是采取非法手段进行查询。