结论前置：关于“加班两小时才有加班费是否合法”的问题，这并非一个简单的合法或非法判断，而是需要根据具体的加班情形、单位是否安排了调休以及是否符合相关法律法规的特殊规定来综合判断。

一、一般情况下加班费的支付规定

根据我国《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应当支付加班费。具体来说：

1. 工作日加班：加班费不低于平时工资的150%。若劳动者被安排加班两小时，且这两小时属于工作日延长工作时间，那么用人单位应按照不低于平时工资150%的标准支付加班费。

   • 计算公式：加班费 = 平时每小时工资 × 150% × 加班小时数
   • 举例：若劳动者平时每小时工资为30元，加班两小时，则加班费至少为90元（30 × 1.5 × 2）。

2. 休息日加班：若不能安排补休，加班费不低于平时工资的200%。但此情形主要针对休息日全天加班，若仅加班两小时且后续能安排补休，则可能不涉及加班费支付问题；若不能安排补休，则需按200%支付加班费。

3. 法定节假日加班：加班费不低于平时工资的300%。此情形同样主要针对法定节假日全天加班，若仅加班两小时，也需按300%支付加班费。

二、合法不支付加班费的特殊情况

1. 协商一致且无异议：如果用人单位与劳动者在劳动合同中事先约定了加班不支付加班费（但此约定需不违反法律法规的强制性规定），且劳动者在实际履行过程中对加班及不支付加班费的情况没有提出异议，那么这种情况下加班不支付加班费可能被认定为合法。但这种情况较为特殊，且需严格满足法定条件。

2. 不定时工作制：对于实行不定时工作制的劳动者，由于其工作时间不固定，难以按照标准工时计算加班时间，因此一般不存在加班及加班费的问题。但需注意，实行不定时工作制需经过劳动行政部门的审批。

3. 综合计算工时工作制：在综合计算工时工作制下，如果在综合计算周期内，劳动者的总工作时间不超过法定标准工作时间，即使在某些时段存在加班情况（如加班两小时），也不需要支付加班费。同样，实行综合计算工时工作制也需经过劳动行政部门的审批。

4. 休息日加班后安排调休：如果劳动者在休息日被安排加班两小时，且后期单位安排了调休，那么单位不支付加班费的行为是合法的。因为根据相关规定，休息日安排劳动者工作若能安排补休，则不需支付加班费。

三、总结与建议

综上所述，加班两小时才有加班费是否合法，需根据具体的加班情形、单位是否安排了调休以及是否符合相关法律法规的特殊规定来判断。在任何情况下，用人单位都应尊重劳动者的合法权益，确保劳动者的劳动得到合理的报酬。劳动者也应了解自己的权益，必要时采取合法手段维护自身利益。

建议：若您遇到加班费支付问题，首先应与用人单位进行沟通协商，明确加班费的支付标准和方式。若协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。