公司新出规定不允许同一部门员工工作，这一规定的合法性不能一概而论，需要结合具体情况进行分析。以下是从不同角度对这一问题的详细解答：
从劳动合同和公司规章制度的角度：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果公司的新规定与劳动合同中的条款相冲突，或者未经劳动者同意单方面变更劳动合同内容，那么这一规定可能是不合法的。
- 公司规章制度应当经过民主程序制定，并且内容合法、合理。如果新规定未经民主程序制定，或者内容违反了法律法规的强制性规定，那么这一规定同样可能不具备法律效力。
从劳动法的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者享有平等就业和选择职业的权利，用人单位不得以性别、民族、种族、宗教信仰等原因歧视劳动者。虽然直接的法律条文可能并未明确提及“同一部门工作”的限制，但如果这种限制构成了对劳动者平等就业权的侵犯，或者没有合理的业务理由作为支撑，那么它可能被视为违法。
- 另外，如果公司的新规定实际上是对劳动者的一种不合理限制，比如为了降低人力成本而故意拆分部门、减少员工之间的合作，这种行为也可能违反劳动法的精神。
从实际操作和合理性的角度：
- 即使公司的新规定在法律上没有直接违反相关规定，但如果它在实际操作中造成了不公平、不合理的结果，比如导致某些员工无法正常工作、影响了工作效率和团队凝聚力等，那么这种规定也可能受到质疑。
- 合理性是判断公司规定是否合法的一个重要标准。如果公司能够提供充分的理由证明这一规定的合理性，比如为了促进部门间的交流、提高工作效率等，并且这一规定在实施过程中没有对劳动者造成不公平的影响，那么它可能被视为合法。
建议：
- 如果你作为劳动者认为公司的新规定不合法或不合理，你可以首先与公司进行沟通协商，表达你的意见和诉求。
- 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在处理这类问题时，建议你保留好相关的证据材料，比如劳动合同、公司规章制度、新规定的通知等，以便在需要时提供证明。
总结：公司新出规定不允许同一部门员工工作的合法性取决于多种因素，包括劳动合同、公司规章制度、劳动法的相关规定以及实际操作中的合理性等。如果你对这一问题有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。