公司规定夫妻不能在同一部门工作，这一规定的合法性需分情况讨论：

1. 从公司规章制度的角度：

   • 公司有权根据自身经营管理的需要，制定内部规章制度，包括关于员工岗位安排、部门分配等方面的规定。然而，这些规章制度必须符合法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。
   • 如果公司规定夫妻不能在同一部门工作，是基于合理的经营管理需要，如避免利益冲突、提高工作效率等，并且这一规定对所有员工一视同仁，不针对特定个体或群体，那么该规定在形式上可能是合法的。但关键在于这一规定是否实质上侵犯了员工的合法权益，特别是婚姻自主权和劳动权。

2. 从员工合法权益的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工享有平等的就业和选择职业的权利，以及取得劳动报酬、休息休假、获得劳动安全卫生保护等权利。公司规定夫妻不能在同一部门工作，可能间接限制了员工选择职业的自由，特别是当员工因为婚姻关系而被迫调整工作岗位或离职时。
   • 如果这一规定导致员工无法继续从事原工作，且公司未提供合理的调整方案或补偿，那么该规定可能构成对员工合法权益的侵犯。此外，如果公司仅因员工是夫妻关系就对其采取不利措施，如降薪、解雇等，这也可能构成就业歧视，违反相关法律法规。

3. 从实际操作和合理性的角度：

   • 即使公司规定夫妻不能在同一部门工作在形式上合法，但在实际操作中也可能面临诸多挑战。例如，如何界定“夫妻关系”？如何确保规定的公平执行？如何避免对员工造成不必要的困扰和损失？
   • 一个更合理的做法可能是，公司不直接禁止夫妻在同一部门工作，而是通过建立有效的利益冲突回避机制、加强内部监督和管理等方式，来确保工作的公正性和效率。这样既能满足公司的经营管理需要，又能尊重和保护员工的合法权益。

建议：

• 对于公司而言，在制定内部规章制度时，应充分考虑法律法规的规定和员工的合法权益，确保规定的合法性和合理性。如果确实需要制定类似的规定，应提前与员工进行沟通协商，并提供合理的调整方案或补偿。
• 对于员工而言，如果认为公司的规定侵犯了自己的合法权益，可以与公司进行协商沟通，寻求解决方案。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

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