公司以夫妻不能在一个部门进行调岗不一定合法。具体分析如下：

首先，我国劳动法并未明确规定夫妻不能在同一部门工作的限制。公司若以此为由进行调岗，需要考察其调岗行为是否违反了劳动法的相关规定，特别是是否构成了对劳动者的不合理对待或歧视。

1. 若公司规章制度中有明确规定：若公司的规章制度或劳动合同中明确规定了夫妻不能在同一部门工作，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，也不存在显失公平的情况，那么公司依据此规定进行调岗可能是合法的。但即便如此，公司也应确保调岗行为的合理性和必要性，避免滥用规定损害劳动者权益。

2. 若公司规章制度中无明确规定：若公司规章制度或劳动合同中并未明确规定夫妻不能在同一部门工作，那么公司以此为由进行调岗就可能构成对劳动者的不合理限制或歧视。在这种情况下，劳动者有权拒绝不合理的调岗，并可以通过劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。

此外，无论公司规章制度中是否有相关规定，公司在调岗时都应遵循以下原则：

• 合理性原则：调岗应基于合理的业务需要或劳动者的工作能力、表现等因素进行，避免随意性或滥用权力。
• 协商一致原则：在调岗前，公司应与劳动者进行充分沟通，并尽量达成一致意见。若无法达成一致，公司应尊重劳动者的选择，并避免采取强制调岗等不当手段。
• 不损害劳动者权益原则：调岗不应损害劳动者的合法权益，包括工资、福利、职业发展等方面。若调岗导致劳动者权益受损，公司应承担相应的法律责任。

综上所述，公司以夫妻不能在一个部门进行调岗的合法性取决于其调岗行为是否违反了劳动法的相关规定以及公司规章制度或劳动合同中的约定。若存在违法或不当行为，劳动者有权通过法律途径维护自己的合法权益。