结论：在民事工程承揽费鉴定初稿出来后，被告没有申请开庭质证，法院采取书面质证的方式通常是合法的，但具体是否合法还需结合案件具体情况和法院的操作流程来判断。

分析说明：

1. 书面质证的合法性基础：

   • 根据一般的诉讼程序原则，质证是诉讼过程中的一个重要环节，旨在通过双方当事人的陈述、辩论和证据交换，查明案件事实。质证方式可以包括开庭质证和书面质证等。
   • 书面质证通常适用于一些事实清楚、证据明确，或者当事人双方对证据无争议的情况。在民事工程承揽费鉴定初稿出来后，如果法院认为通过书面质证即可充分查明事实，且双方当事人未提出异议，那么采取书面质证的方式是合法的。

2. 被告未申请开庭质证的影响：

   • 被告未申请开庭质证，并不意味着法院不能采取其他质证方式。法院有权根据案件情况和诉讼效率的需要，选择适当的质证方式。
   • 如果被告对鉴定初稿有异议，但未在规定时间内提出或未申请开庭质证，这可能被视为被告放弃了相应的诉讼权利。然而，这并不影响法院根据案件需要采取书面质证等合法方式。

3. 法院操作流程的合规性：

   • 法院在采取书面质证方式时，应确保双方当事人都有充分的机会对鉴定初稿进行审查和提出异议。这通常包括向双方当事人送达鉴定初稿，并设定合理的异议期限。
   • 如果法院在操作过程中未遵循法定程序，如未送达鉴定初稿或未设定合理的异议期限，那么书面质证的方式可能因程序违法而无效。

法律建议：

• 对于原告：如果法院采取书面质证方式，且你方对鉴定初稿无异议，可以积极配合法院完成质证程序。如果对鉴定初稿有异议，应在规定时间内向法院提出，并说明理由。
• 对于被告：如果未收到鉴定初稿或未被告知质证方式，应及时与法院联系，了解案件进展和质证安排。如果对鉴定初稿有异议，同样应在规定时间内向法院提出。
• 双方共同建议：无论采取何种质证方式，双方当事人都应保持沟通，积极配合法院的工作，以确保案件能够公正、高效地审理。如果对法院的操作流程或质证方式有疑问，可以及时向法院提出，并寻求法律帮助。

可能后果：

• 如果法院采取的书面质证方式合法合规，且双方当事人均未提出异议，那么案件将继续按照法定程序进行审理。
• 如果法院的操作流程存在违法之处，或者一方当事人对书面质证方式提出异议并得到法院支持，那么案件可能需要重新进行质证或采取其他补救措施。