法院在民事工程工人承揽费鉴定初稿出来后，组织双方进行书面质证而不开庭，这一做法在法律上是合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律程序与质证方式
质证的定义与目的：
- 质证是诉讼过程中的一个重要环节，旨在通过双方当事人的陈述、辩论和证据展示，使法院能够全面、客观地了解案件事实，从而作出公正的判决。
- 质证不仅限于开庭时的口头质证，书面质证也是一种有效的质证方式，特别是在某些案件事实清楚、证据明确的情况下，书面质证可以节省司法资源，提高诉讼效率。
法律对质证方式的规定：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，质证可以通过开庭审理时的口头质证进行，也可以通过书面方式进行。法院有权根据案件的具体情况，决定采用何种质证方式。
- 在鉴定初稿出来后，法院认为双方对鉴定意见的主要争议点已经明确，且书面质证足以解决争议时，可以组织双方进行书面质证。
二、书面质证的合法性与合理性
合法性：
- 书面质证作为质证的一种方式，其合法性得到了法律的明确认可。只要法院在组织书面质证时，遵循了法定程序，保障了双方当事人的质证权利，那么这一做法就是合法的。
合理性：
- 在民事工程工人承揽费纠纷中，鉴定初稿通常已经对承揽费的计算、依据等进行了详细说明。如果双方对鉴定初稿的主要内容没有异议，或者异议可以通过书面方式清晰表达并得到解决，那么书面质证就是一种高效、合理的选择。
- 书面质证还可以避免开庭审理可能带来的时间、成本等负担，特别是对于当事人来说，可以更加灵活地安排自己的时间和事务。
三、当事人的权利保障
质证权利：
- 无论采用何种质证方式，法院都应当保障双方当事人的质证权利。这包括对鉴定初稿的异议权、对对方证据的质询权等。
- 在书面质证过程中，法院应当确保双方当事人有充分的时间和机会对鉴定初稿进行审查、提出异议，并对对方的异议进行回应。
申请开庭审理的权利：
- 如果当事人认为书面质证无法充分保障自己的质证权利，或者认为案件存在需要开庭审理的复杂情况，可以向法院申请开庭审理。
- 法院在收到当事人的申请后，应当根据案件的具体情况，决定是否同意开庭审理。
四、实际操作中的建议
积极配合法院的质证安排：
- 当事人应当积极配合法院的质证安排，无论是书面质证还是开庭审理，都应当按时提交相关证据和意见，确保质证过程的顺利进行。
充分行使质证权利：
- 在质证过程中，当事人应当充分行使自己的质证权利，对鉴定初稿和对方证据进行仔细审查，提出合理的异议和质询。
及时沟通与协商：
- 如果当事人在质证过程中遇到任何问题或困难，应当及时与法院和对方进行沟通与协商，寻求解决方案。
总结来说，法院在民事工程工人承揽费鉴定初稿出来后，组织双方进行书面质证而不开庭，这一做法在法律上是合法的，也是合理且高效的。当然，如果当事人认为书面质证无法充分保障自己的权利，可以向法院申请开庭审理。在实际操作中，当事人应当积极配合法院的质证安排，充分行使自己的质证权利，并及时与法院和对方进行沟通与协商。如果你还有其他关于民事工程工人承揽费纠纷的法律问题，可以直接向我咨询。