结论：公司不让在厕所抽烟，员工在厕所抽烟被抓，这一行为本身并不直接涉及“合法”与否的法律评价，但公司有权根据内部规章制度对员工进行相应管理，员工需遵守公司规定。若公司规章制度合法且员工知晓，员工违反规定可能面临纪律处分。
详细分析：
公司规章制度的合法性：
- 公司有权制定内部规章制度，包括关于工作场所的行为规范，如禁止吸烟等。这些规章制度通常是为了维护工作秩序、保障员工健康和安全等目的而设立。
- 要使规章制度具有法律效力，它必须符合法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益，且需经过民主程序制定（如职工代表大会讨论等），并向员工公示或告知。
员工对规章制度的遵守义务：
- 员工在入职时或工作过程中，应了解并遵守公司的规章制度。这是员工的基本职业操守，也是劳动合同中的一项隐含义务。
- 如果员工明知公司有禁止吸烟的规定，仍在厕所等禁止吸烟区域吸烟，这构成对规章制度的违反。
公司对违规行为的处理：
- 公司有权根据规章制度对违反规定的员工进行纪律处分，如警告、罚款、降职、解雇等。但这些处分必须合法、合理，且符合规章制度中的规定。
- 如果公司规章制度中明确规定了吸烟的处罚措施，且这些措施不违反法律法规，那么公司对员工在厕所抽烟的行为进行处罚是合法的。
员工权益的保障：
- 尽管公司有权制定和执行规章制度，但员工的合法权益也应得到保障。例如，公司不得因员工违反吸烟规定而侵犯其人格尊严、隐私权等。
- 如果员工认为公司的处罚措施过于严厉或不合理，可以通过内部申诉机制或法律途径维护自己的权益。
建议：
- 作为员工，应了解并遵守公司的规章制度，包括关于吸烟的规定。如果对公司规定有疑问或不满，可以通过正当渠道向公司反映或咨询。
- 作为公司，应确保规章制度的合法性和合理性，并向员工充分公示或告知。在处理违规行为时，应依法依规进行，避免侵犯员工的合法权益。
后续行动：
- 如果您是员工，且因在厕所抽烟而受到公司的处罚，您可以先查看公司的规章制度，了解处罚的依据和合理性。如果您认为处罚不当，可以向公司提出申诉或咨询专业律师。
- 如果您是公司管理人员，需要制定或执行关于吸烟的规章制度，建议您确保规章制度的合法性和合理性，并向员工充分公示或告知。在处理违规行为时，应依法依规进行，避免引发劳动纠纷。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。