关于您提出的“在工厂上班上厕所抽烟被罚款是否合法”的问题，这主要取决于工厂的相关规章制度、是否事先告知员工以及罚款的合理性等多个因素。以下是我为您详细分析的内容：

一、工厂无直接行政处罚权

首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国行政处罚法》，行政处罚只能由具有行政处罚权的行政机关实施。工厂作为非行政机关，并不具备直接的行政处罚权。因此，从严格的法律意义上讲，工厂直接对员工处以罚款（作为行政处罚）是不合法的。

二、规章制度与劳动合同的考量

1. 合法情形：

   • 如果工厂有明确的规章制度，规定在特定区域（包括厕所，如果厕所被认定为可能危及工作环境安全的区域）禁止抽烟，并且该规章制度的制定程序合法（如经过民主程序制定，内容不违反法律法规），同时员工也知晓并同意该规章制度（通常通过劳动合同或入职时的培训、告知等方式实现），那么当员工违反规定抽烟时，工厂可以依据规章制度采取合理处理措施。
   • 这些处理措施可以包括扣除绩效奖金、警告、记过等，但应避免直接罚款。这种处理方式基于双方约定和管理需要，通常被视为合法。

2. 不合法情形：

   • 如果工厂没有相关合法有效的规章制度支撑，或者规章制度未经过合法程序制定、内容违法，那么对员工的罚款行为就是不合法的。
   • 另外，如果罚款过重、不合理，或者未事先与员工约定，也可能构成不合法行为。

三、工作环境安全与健康的责任

工厂有责任提供安全健康的工作环境，并采取必要措施保护员工免受危害。这包括制定并执行关于抽烟等可能危及工作环境安全的规章制度。然而，这并不意味着工厂可以直接对员工进行罚款。

四、具体案例分析

• 如果某工厂制定了明确的安全生产规章制度，规定在包括厕所在内的所有可能危及工作环境安全的区域禁止抽烟，并且该规章制度经过了合法程序制定和全体员工公示，员工也已知晓并同意。那么，当员工在厕所抽烟时，工厂可以依据规章制度扣除其部分绩效奖金或采取其他合理处理措施。
• 相反，如果工厂没有相关规章制度，或者仅通过口头通知就对在厕所抽烟的员工进行罚款，且未履行合法程序或与员工进行事先约定，那么这种罚款行为就是不合法的。

五、操作建议

• 对于工厂而言，应确保规章制度的合法性、有效性和透明度，避免直接以罚款作为管理手段。可以通过制定合理的奖惩制度、加强员工培训等方式来维护工作环境的安全和健康。
• 对于员工而言，应了解并遵守工厂的规章制度。如有疑问或认为受到不公正对待，可以向劳动部门投诉或寻求专业法律人士的帮助。

综上所述，工厂制定在特定区域抽烟进行罚款的规定是否合法，需要综合考虑多个因素。在具体操作中，应确保各项措施的合法性和合规性，以维护双方的合法权益。