结论：在厂里厕所抽烟被罚三百元是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法有效以及罚款是否合理。
分析如下：
公司规章制度的合法性：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司规章制度中明确规定了禁止在厕所抽烟，并且该规定经过了上述民主程序，且内容不违反法律、行政法规及政策规定，那么该规章制度就是合法有效的。
罚款的合理性：
- 即便公司规章制度合法有效，罚款的数额也应当合理。根据《劳动法》及相关规定，用人单位对劳动者进行罚款时，罚款的数额应当与劳动者的过错程度相适应，且不得超过法定限额。一般来说，罚款的数额不应过高，以免对劳动者的生活造成过大影响。
- 在本案例中，罚款三百元是否合理，需要结合具体情况判断。如果公司能够证明该罚款数额与劳动者的过错程度相适应，且未超过法定限额，那么该罚款可能是合理的。但如果罚款数额过高，或者公司无法证明罚款的合理性，那么该罚款可能被视为违法。
特殊情况：
- 如果公司规章制度中并未明确规定禁止在厕所抽烟，或者该规定未经民主程序制定，那么公司以此为由对劳动者进行罚款就是违法的。
- 另外，如果公司规章制度中虽然规定了禁止在厕所抽烟，但罚款数额过高或者罚款方式不合理（如直接从工资中扣除等），也可能被视为违法。
建议：
- 如果你认为公司的罚款行为违法或者不合理，你可以先与公司进行协商，要求公司撤销罚款或者降低罚款数额。
- 如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉，寻求行政救济。
- 你也可以考虑通过法律途径解决争议，如申请劳动仲裁或者提起诉讼等。
后续行动：
- 在采取任何行动之前，建议你先收集相关证据，如公司规章制度、罚款通知、工资条等，以便在需要时证明自己的权益。
- 如果你对法律程序不熟悉或者担心自己的权益无法得到保障，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。