关于工厂上班抽烟罚款是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要综合考虑多个因素，包括工厂的规章制度、劳动合同的约定、罚款的合理性以及相关法律法规的遵循情况。
首先，从法律层面来看：
工厂无行政处罚权：工厂作为非行政机关，并不具备直接的行政处罚权。因此，从严格的法律意义上讲，工厂直接对员工处以罚款（作为行政处罚）是不合法的。
规章制度与劳动合同：
- 如果工厂有明确的规章制度，且该规章制度经过合法程序制定（如经过民主程序讨论、公示等），内容不违反法律法规，并且员工在入职时已知晓并同意这些规定，那么当员工违反规定抽烟时，工厂可以依据规章制度采取合理处理措施。但这里的处理措施通常不是直接罚款，而是扣除绩效奖金、警告、记过等，这些措施基于双方约定和管理需要，通常被视为合法。
- 如果劳动合同中明确规定了禁止抽烟及相应的处罚措施，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定对抽烟行为进行处理（在合理范围内）也是合法的。
其次，从工作环境安全与健康的角度来看：
工厂有责任提供安全健康的工作环境，并采取必要措施保护员工免受危害。抽烟在某些工厂环境中（如易燃易爆生产车间）可能构成严重的安全隐患。因此，工厂制定并执行关于抽烟的规章制度，从保障工作环境安全的角度来看，是合理且必要的。
再者，关于罚款的合理性：
即使工厂有规章制度或劳动合同作为依据，罚款的金额也必须合理。过高的罚款金额可能构成对员工权益的侵害，是不合法的。罚款应当与抽烟行为的性质和可能造成的影响相称。
举例说明：
- 如果某工厂制定了安全生产规章制度，明确规定在生产车间等易燃易爆区域禁止抽烟，并经过了合法程序制定和公示。员工在入职时也已知晓并同意这些规定。当员工违规抽烟时，工厂根据规章制度扣除了他当月的部分绩效奖金，这种处理方式通常是合法的。
- 相反，如果工厂没有相关合法有效的规章制度支撑，或者规章制度未经过合法程序制定、内容违法，或者罚款过重、不合理，那么对员工的罚款行为则可能是不合法的。
操作建议：
- 对于工厂而言，应确保规章制度的合法性、有效性和透明度，避免直接以罚款作为管理手段。可以考虑采取扣除绩效奖金、警告、记过等更合理的处理措施。
- 对于员工而言，应了解并遵守工厂的规章制度和劳动合同的约定。如有疑问或认为受到不公正对待，可以向劳动部门投诉或寻求专业法律人士的帮助。
综上所述，工厂上班抽烟罚款的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况进行分析和判断。在制定和执行相关规定时，工厂应确保合法性和合理性，以维护双方的合法权益。