关于工厂内吸烟被罚款是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要综合考虑多个法律维度和实际情境来进行分析。
首先，从法律层面来看：
工厂无直接行政处罚权：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》，行政处罚只能由具有行政处罚权的行政机关来实施。工厂，作为非行政机关，并不具备直接的行政处罚权。因此，从严格的法律意义上讲，工厂直接对员工处以罚款（作为行政处罚）是不合法的。
规章制度与劳动合同的约束：
- 工厂可以通过制定合法有效的规章制度，并事先告知员工，来规范员工的行为。这些规章制度可以包括在特定区域（如易燃易爆生产车间）禁止吸烟的规定。
- 如果规章制度制定程序合法（如经过民主程序制定，内容不违反法律法规），且员工知晓并同意（通常通过劳动合同或入职时的培训、告知等方式实现），那么当员工违反规定吸烟时，工厂可以依据规章制度采取合理处理措施。但这些措施应基于双方约定和管理需要，如扣除绩效奖金等，而非直接罚款。
其次，从实际操作和合理性角度来看：
工作环境安全与健康：
- 工厂有责任提供安全健康的工作环境，并采取必要措施保护员工免受危害。吸烟在某些工厂环境中（如易燃易爆区域）可能构成严重的安全隐患。因此，工厂制定并执行关于吸烟的规章制度是合理的。
罚款的合理性：
- 即使工厂有规章制度作为依据，罚款金额也应当合理。过高的罚款金额可能构成对员工权益的侵害，是不合法的。罚款应与吸烟行为的性质和可能造成的影响相称。
举例说明：
- 假设某化工工厂制定了安全生产规章制度，明确规定在生产车间等易燃易爆区域禁止吸烟，并经过了职工代表大会讨论通过及全体员工公示。员工小李违规在车间吸烟，工厂根据规章制度扣除了他当月的部分绩效奖金。在此情况下，由于工厂有合法有效的规章制度且员工已知晓并同意，工厂的处理方式通常是合法的。
- 相反，如果某工厂仅通过口头通知就对在厂区内吸烟的员工进行罚款，且未履行合法程序或与员工进行事先约定，那么这种罚款行为则可能是不合法的。
操作建议：
- 对于工厂而言，应确保规章制度的合法性、有效性和透明度。在制定规章制度时，应遵循民主程序，确保内容不违反法律法规，并事先告知员工。在处理违规行为时，应采取合理措施，避免直接罚款作为管理手段。
- 对于员工而言，应了解并遵守工厂的规章制度。如有疑问或认为受到不公正对待，可向劳动部门投诉或寻求专业法律人士的帮助。
综上所述，工厂内吸烟被罚款的合法性取决于多个因素，包括规章制度的合法性、员工的知情与同意、罚款的合理性以及相关法律法规的遵循情况。在具体操作中，应确保各项措施的合法性和合规性，以维护双方的合法权益。