关于工厂抽烟被罚款是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要综合考虑多个因素，包括工厂的规章制度、劳动合同的约定、罚款的合理性以及相关法律法规的遵循情况。
首先，从法律层面来看：
工厂无直接行政处罚权：根据《中华人民共和国行政处罚法》，行政处罚只能由具有行政处罚权的行政机关实施。工厂作为非行政机关，并不具备直接的行政处罚权。因此，从严格的法律意义上讲，工厂直接对员工处以罚款（作为行政处罚）是不合法的。
规章制度与劳动合同的约定：然而，工厂可以通过制定合法有效的规章制度，并在劳动合同中与员工进行明确约定，来规范员工的行为。如果工厂有明确的规章制度，规定在特定区域（如易燃易爆生产车间）禁止抽烟，并且该规章制度的制定程序合法（如经过民主程序制定，内容不违反法律法规），同时员工也知晓并同意该规章制度，那么当员工违反规定抽烟时，工厂可以依据规章制度采取合理处理措施。但这里需要注意的是，处理措施应基于双方约定和管理需要，且应合理合法，如扣除绩效奖金等，而非直接罚款。
其次，从实际操作和合理性角度来看：
工作环境安全与健康：工厂有责任提供安全健康的工作环境，并采取必要措施保护员工免受危害。抽烟在工厂内，特别是在易燃易爆区域，可能引发火灾等安全事故，对工作环境安全构成严重威胁。因此，工厂制定并执行关于抽烟的规章制度是合理的。
罚款的合理性：即使工厂有规章制度作为依据，罚款金额也应当合理。过高的罚款金额可能构成对员工权益的侵害，是不合法的。工厂在设定罚款金额时，应充分考虑抽烟行为的性质、可能造成的影响以及员工的经济承受能力。
举例说明：
假设某化工工厂制定了安全生产规章制度，明确规定在生产车间等易燃易爆区域禁止抽烟，并经过了职工代表大会讨论通过及全体员工公示。员工小李违规在车间抽烟，工厂根据规章制度扣除了他当月的部分绩效奖金。此情况下，由于工厂有合法有效的规章制度且员工已知晓并同意，工厂的处理方式通常是合法的。
相反，如果某工厂仅通过口头通知就对在厂区内抽烟的员工进行罚款，且未履行合法程序或与员工进行事先约定，那么这种罚款行为则可能是不合法的。
操作建议：
对于工厂而言，应确保规章制度的合法性、有效性和透明度，避免直接以罚款作为管理手段。可以通过制定合理的奖惩制度、加强安全教育等方式来引导员工遵守规定。
对于员工而言，应了解并遵守工厂的规章制度，如有疑问或认为受到不公正对待，可向劳动部门投诉或寻求专业法律人士的帮助。
综上所述，工厂抽烟被罚款的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况进行分析和判断。工厂在制定和执行相关规定时应确保合法性和合理性，员工也应遵守相关规定并了解自己的权益。