工厂禁烟罚款的合法性需分情况讨论，在大多数情况下工厂直接对员工进行禁烟罚款是不合法的，但在特定条件下可能具有一定的合法性。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情况
无法律依据设定罚款权：
- 罚款是行政处罚的一种，根据《中华人民共和国行政处罚法》，只能由具有行政处罚权的行政机关实施。工厂作为企业，不具备这一权力。因此，工厂自行设定的“禁烟罚款”制度，如果未经法律授权，则属于违法行为。
违反劳动法规定：
- 《中华人民共和国劳动法》明确规定，用人单位无权对劳动者进行罚款处罚。工厂若对员工进行罚款，将构成对劳动者权益的侵犯。
规章制度不合法或未履行程序：
- 即使工厂制定了内部规章制度来规范员工行为，这些制度也必须经过民主程序制定，内容不得违反法律法规，且需向员工进行公示。如果规章制度未经这些程序，或者内容违法，那么以此为依据进行的罚款也是不合法的。
相关法律依据的明确限制：
- 如《中华人民共和国消防法》规定，对于在具有火灾、爆炸危险的场所吸烟的行为，处罚主体是行政机关，而非工厂。这进一步强调了工厂无权直接对员工进行罚款。
二、可能合法的情况
与员工协商一致：
- 如果工厂与员工在劳动合同中明确约定了禁烟条款及相应的违约赔偿方式（类似罚款），并且这种约定不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么在员工违反约定时，工厂可以按照合同约定要求员工承担相应责任。这种情况下，虽然形式上类似于罚款，但实际上是基于合同约定的违约责任，可能具有一定的合法性。
合法有效的规章制度：
- 工厂可以依据合法有效的内部规章制度对员工进行管理。这些规章制度必须满足以下条件：经过民主程序制定、内容不违反法律法规、向员工进行了公示或告知。在满足这些条件的前提下，如果规章制度中规定了合理的处罚措施（非罚款性质，如警告、记过、扣除绩效奖金等），并且在员工违规时按照制度执行，那么这种行为可能被认定为合法。但需注意，直接罚款仍可能被视为不合法，除非有明确的合同约定或法律法规授权。
三、综合建议
完善规章制度：
- 工厂应制定完善的规章制度，明确禁烟区域和违规后果（如警告、记过、扣除绩效奖金等），并确保这些规定不违反法律法规的强制性规定。同时，规章制度应经过民主程序制定，并向员工进行公示或告知。
加强宣传教育：
- 工厂应加强禁烟宣传教育，提高员工的禁烟意识，让他们了解抽烟可能带来的安全隐患和后果。这有助于减少违规行为的发生，降低管理成本。
合理设定处罚措施：
- 如需对违规抽烟行为进行处罚，工厂应合理设定处罚措施，确保措施与违规行为的性质和可能造成的影响相称。避免直接罚款，除非有明确的合同约定或法律法规授权。
依法处理违规行为：
- 对于违反禁烟规定的员工，工厂应依法进行处理，确保处罚措施的合法性和合理性。同时，也应考虑采取其他非罚款形式的处罚措施，如警告、记过等。
寻求法律帮助：
- 如果工厂或员工对禁烟罚款的合法性存在疑问或争议，可以寻求专业法律帮助以维护自己的合法权益。
举例说明：
- 某工厂制定了安全生产规章制度，明确规定在生产车间等易燃易爆区域禁止抽烟，并经过了职工代表大会讨论通过及全体员工公示。员工小张违规在车间抽烟，工厂根据规章制度扣除了他当月的部分绩效奖金。此情况下，由于工厂有合法有效的规章制度且员工已知晓并同意，工厂的处理方式通常是合法的。
- 相反，如果某工厂仅通过口头通知就对在厂区内抽烟的员工进行罚款，且未履行合法程序或与员工进行事先约定，那么这种罚款行为则可能是不合法的。
总之，工厂禁烟罚款的合法性需综合考虑多个因素。在大多数情况下，工厂直接对员工进行禁烟罚款是不合法的。工厂应当遵循法律法规的要求，通过合法有效的手段来管理员工的抽烟行为，确保企业的正常运营和员工的合法权益不受侵犯。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。