关于“员工吸烟罚款是否合法”这一问题，我们可以从多个法律层面进行详细分析。

首先，从一般情况来看，公司对抽烟员工进行罚款通常是不合法的。这是因为：

1. 法律层面：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并没有直接对员工进行罚款的法定权利。这些法律的核心在于保障劳动者的合法权益，包括获得劳动报酬、享受休息休假等，而并未赋予用人单位罚款的权力。

2. 财产权保护：罚款属于财产罚，是对公民财产权的一种剥夺。根据我国宪法和法律规定，公民的合法财产受法律保护，非经法定程序和法定事由，任何单位和个人不得随意剥夺。公司作为非行政执法机关，一般无权对员工实施罚款行为。

然而，在特定情形下，公司对违规抽烟员工进行一定经济处罚可能具有一定合理性，但需满足以下条件：

1. 有合法依据：公司规章制度中必须明确规定禁止在特定区域（如生产车间、仓库等存在火灾安全隐患的区域）吸烟，并规定了相应的违规处罚措施。这些规定需经过民主程序制定，如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。

2. 公示或告知：规章制度制定后，必须向劳动者进行公示或者告知，确保员工知晓并同意。未经公示或告知的规章制度对员工不产生约束力。

3. 罚款性质与金额合理：在这种情况下，员工违反规定在禁止吸烟区域吸烟，公司按照规章制度进行的经济处罚，其性质更倾向于一种违约责任的承担方式。罚款金额应当合理，不应明显超出员工因违规行为给公司造成的损失，或与员工的工资收入严重不相称。例如，公司规定抽烟罚款1000元，如果这一金额明显过高，超出了合理范畴，那么该规定可能因显失公平而不具有合法性。

最后，关于员工权益保护：

• 员工应了解公司规章制度，确保公司罚款行为是否符合规章制度中的规定。
• 如认为公司罚款行为不合理或存在违法行为，员工可以向公司相关部门提出申诉，要求公司重新审查并作出公正处理。
• 若公司未能给予公正处理或员工认为公司存在违法行为，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益，如向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。

综上所述，公司对抽烟员工进行罚款在一般情况下是不合法的。但在特定情形下，如果公司规章制度有明确规定且符合相关法律法规要求，对违规抽烟员工进行一定经济处罚可能具有一定理由。然而，这种处罚应谨慎使用，并确保其合理性和合法性。