结论：员工在公司抽烟罚款1000元是否合法，需分情况讨论，主要取决于公司规章制度的合法性及罚款依据的合理性。以下从不同角度展开分析：
1. 公司规章制度是否合法有效
根据《劳动合同法》第四条，公司制定规章制度需满足以下条件：
- 民主程序：规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定；
- 公示程序：规章制度需向员工公示或告知（如培训、签字确认等）；
- 内容合法：规章制度不得违反法律、行政法规的强制性规定。
若公司规章制度未履行上述程序，或内容违法（如罚款金额过高），则罚款行为可能被认定为无效。例如，根据《行政处罚法》，只有行政机关才有权设定罚款，企业无权自行设定高额罚款，否则可能涉嫌违法。
2. 罚款金额是否合理
即使公司规章制度合法，罚款金额也需符合以下原则：
- 比例原则：罚款金额应与违规行为的严重程度、员工收入水平相适应。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工本人原因给公司造成经济损失的，公司可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%。若罚款1000元超过员工月工资的20%，则可能被认定为违法；
- 地方性规定：部分地区（如深圳、江苏）明确规定，企业不得对员工进行罚款，只能通过警告、记过等方式处理。
若罚款金额明显过高或违反地方性规定，员工可主张罚款无效或要求返还超额部分。
3. 公司是否有权罚款
- 法律层面：根据《劳动法》《劳动合同法》，企业并非行政机关，无权对员工进行行政处罚（如罚款）。但企业可通过规章制度对员工行为进行管理，并采取合理措施（如扣减绩效、解除劳动合同等）；
- 实践层面：若公司以“罚款”名义扣减工资，可能被认定为未足额支付劳动报酬，员工可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求经济补偿。
4. 员工如何维权
若员工认为罚款不合法，可采取以下措施：
- 与公司协商：要求公司出示规章制度及罚款依据，指出其违法性；
- 向劳动监察部门投诉：劳动监察部门可对公司违法行为进行查处，并责令改正；
- 申请劳动仲裁：若公司拒不改正，员工可申请劳动仲裁，主张返还罚款、支付经济补偿等。
总结建议
- 公司角度：建议通过完善规章制度（如将“罚款”改为“扣减绩效”）、加强员工培训等方式规范管理，避免法律风险；
- 员工角度：若遭遇违法罚款，可先与公司沟通，沟通无果后及时维权，保留相关证据（如规章制度、罚款通知、工资条等）。
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