关于“员工抽烟公司罚款是否合法”的问题，这确实是一个涉及法律层面和企业管理规定的重要议题。以下是对此问题的详细解答：
一、一般情况下的不合法性
法律基础：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并没有直接对员工进行罚款的法定权利。这些法律着重保护劳动者的合法权益，包括工资支付和劳动条件的保障。
- 罚款，作为一种财产罚，是对公民财产权的一种剥夺。根据我国宪法和法律，公民的合法财产受法律保护，非经法定程序和事由，不得被随意剥夺。公司作为非行政执法机关，通常不具备对员工实施罚款的权力。
具体法条：
- 《中华人民共和国劳动法》第九十一条明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资，这实际上限制了企业以罚款形式扣减员工工资的行为。
- 《中华人民共和国行政处罚法》也指出，行政处罚的设定和实施必须基于事实，且必须公布。企业作为非行政机关，不具备实施行政处罚（包括罚款）的权力。
二、特定情形下的合理性
尽管在一般情况下公司不能对员工进行罚款，但在某些特定条件下，如果公司的规章制度有明确规定，并且这些规定经过了民主程序制定，同时向员工进行了公示或告知，那么对违规抽烟员工进行一定的经济处罚可能具有一定的合理性。这种情况下的经济处罚更偏向于违约责任的承担方式。
合法依据：
- 公司规章制度必须明确规定禁止在特定区域（如生产车间、仓库等火灾隐患区域）吸烟，并设定相应的违规处罚措施。
- 这些规章制度需经过民主程序制定，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表协商确定，同时向员工进行公示或告知。
罚款性质与限制：
- 在这种情况下，员工因违反规定而在禁止吸烟区域吸烟，公司按照规章制度进行的经济处罚应被视为员工承担违约责任的一种方式。
- 罚款金额应合理，不应明显超出员工因违规行为给公司造成的损失，或与员工的工资收入严重不相称。
三、员工权益保护
- 员工应熟悉公司的规章制度，确保公司罚款行为是否符合规定。
- 如认为公司罚款行为不合理或违法，员工有权向公司相关部门提出申诉，要求重新审查并公正处理。
- 若公司未能公正处理或员工认为存在违法行为，员工可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益，包括向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
综上所述，公司对抽烟员工进行罚款在一般情况下是不合法的。公司应制定合理的内部管理规定来规范员工行为，并在必要时通过法律途径维护企业权益。在特定情形下，如果公司规章制度有明确规定且符合相关法律法规要求，对违规抽烟员工进行一定经济处罚可能具有合理性，但这种处罚应谨慎使用，并确保其合法性和合理性。