公司禁止抽烟并设定罚款的合法性需分情况讨论：

1. 公司规章制度的合法性基础
   根据《劳动合同法》第四条，公司有权通过民主程序制定内部规章制度（如员工手册），但需满足三个条件：

   • 内容合法（不违反法律强制性规定）；
     
   • 程序合法（经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定）；
     
   • 公示告知（如通过培训、签收等方式确保员工知悉）。
     若公司规章制度中明确禁止吸烟并设定罚款条款，且符合上述程序，则该制度本身具有合法性基础。

2. 罚款权限的法定限制

   • 行政处罚权专属：根据《行政处罚法》，只有行政机关（如消防、卫健部门）有权对违反消防或公共卫生管理的行为进行罚款。公司作为民事主体，无权自行设定行政处罚性质的罚款。
     
   • 例外情形：若公司通过民主程序将吸烟行为与绩效考核挂钩（如扣减奖金、绩效分），或要求员工承担实际损失（如因吸烟导致设备损坏的赔偿），则属于民事责任范畴，不违反法律规定。

3. 地方性法规的特殊规定
   部分地区（如北京、上海、深圳）通过地方性法规授权用人单位对禁烟区吸烟行为进行内部处理，但通常限定为：

   • 罚款金额需明确且合理（如上海规定最高罚款200元）；
     
   • 罚款需上缴至专用账户（如工会账户），不得归公司所有；
     
   • 需配合其他管理措施（如劝阻、通报批评等）。
     若公司所在地有此类规定，且罚款程序符合地方性法规要求，则可能被认定为合法。

实务建议：

• 对公司：若需禁烟，建议通过绩效考核扣分、警告、解除劳动合同（如严重违反规章制度）等合法方式管理，避免直接罚款；
  
• 对员工：若公司罚款违反上述规则，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求返还罚款并主张权益。
  

如有进一步细节（如公司所在地、罚款金额、制度制定程序等），可提供具体信息以便更精准分析。