关于公司规定厕所抽烟罚款是否合法的问题，这确实是一个涉及多个法律层面的复杂议题。以下是我为您提供的详细分析：
一、公司罚款权的法律基础
首先，我们需要明确的是，罚款本质上是一种行政处罚权。根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，只有具有行政处罚权的行政机关才能在法定职权范围内实施罚款。公司，作为普通的民事主体，并不具备这样的行政处罚权。因此，从法律原则上讲，公司直接规定对员工进行罚款是不合法的。
二、公司规章制度的制定与效力
尽管公司不能直接罚款，但它们可以基于管理需要制定规章制度。然而，这些制度必须在法律允许的范围内，并且不能侵犯员工的合法权益。根据《中华人民共和国劳动合同法》，公司在制定、修改或决定直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。此外，规章制度还需向员工进行公示或告知，确保员工知晓并同意。未经这些程序，规章制度对员工不产生约束力。
三、罚款金额的合理性考量
即使公司规章制度经过了民主程序制定并公示，罚款金额的合理性也是一个重要考量因素。罚款金额应当合理，不能显失公平。如果罚款金额过高，超出了合理范畴，那么该规定可能因显失公平而不具有合法性。此外，罚款规定的合理性还需经过民主程序制定，即需经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表协商确定。
四、公司合法管理员工行为的方式
虽然公司不能通过罚款来管理员工在厕所抽烟的行为，但它们可以采取其他合理、合法的方式进行管理。例如，公司可以给予警告、记过等纪律处分措施，或者通过加强宣传教育、提供戒烟帮助等方式来引导员工遵守规定。这些处理方式既符合法律法规的要求，又能有效维护公司的管理秩序。
五、员工权益保护与法律救济途径
如果公司对抽烟员工进行了不合法的罚款，员工有权与公司协商要求返还罚款。协商不成时，员工可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在极端情况下，员工甚至可以通过诉讼途径来保护自己的权益。
综合判断与建议
综上所述，公司规定厕所抽烟罚款在未满足特定法律条件下通常是不合法的。为了维护公司的管理秩序和员工的合法权益，我建议公司采取以下措施：
希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。