关于工厂禁止吸烟并对违者进行罚款的合法性，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据多个法律维度和实际情况进行综合分析。
首先，从一般原则出发：
工厂作为企业，并不具备行政处罚权。罚款是行政处罚的一种，根据《中华人民共和国行政处罚法》，这一权力只能由具有行政处罚权的行政机关来行使。因此，如果工厂未经法律授权，自行设定“禁烟罚款”制度，那么这一行为在大多数情况下是不合法的。
其次，我们来看劳动法的相关规定：
《中华人民共和国劳动法》明确保护劳动者的合法权益，其中并未赋予用人单位对劳动者进行罚款处罚的权力。工厂若对员工进行罚款，很可能构成对劳动者权益的侵犯，这是不被法律所允许的。
再者，考虑工厂内部规章制度的合法性：
即使工厂制定了内部规章制度来规范员工行为，这些制度也必须经过民主程序制定，内容不得违反法律法规，且需向员工进行公示或告知。如果规章制度未经这些程序，或者内容违法，那么以此为依据进行的罚款同样是不合法的。
然而，也存在一些特殊情况：
与员工协商一致：如果工厂与员工在劳动合同中明确约定了禁烟条款及相应的违约赔偿方式（这种约定在形式上可能类似于罚款，但实质上是基于合同约定的违约责任），并且这种约定不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么在员工违反约定时，工厂可以按照合同约定要求员工承担相应责任。这种情况下，虽然形式上类似于罚款，但实际上可能具有一定的合法性。
合法有效的规章制度：工厂可以依据合法有效的内部规章制度对员工进行管理。这些规章制度必须满足经过民主程序制定、内容不违反法律法规、向员工进行了公示或告知等条件。在满足这些条件的前提下，如果规章制度中规定了合理的处罚措施（非罚款性质，如警告、记过等），并且在员工违规时按照制度执行，那么这种行为可能被认定为合法。
综合建议：
为了避免法律风险和保障员工权益，工厂应当通过合法且合理的方式来管理员工的抽烟行为。例如，可以制定禁烟规章制度，明确禁烟区域和违规后果（如警告、记过等非罚款性质的处罚），并通过民主程序制定和公示。同时，工厂也可以加强宣传教育，提高员工的禁烟意识。如果员工违反禁烟规定，工厂可以采取合法的纪律处分措施，但应避免直接进行罚款处罚。
总之，工厂禁止吸烟并对违者进行罚款的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况进行分析和判断。工厂在制定和执行相关规定时应确保合法性和合理性，以维护企业的正常运营和员工的合法权益。