关于“员工在公司抽烟罚款1000元是否合法”的问题，这确实是一个涉及多个法律层面的复杂议题。以下是我为您提供的详细分析：
一、公司罚款权的法律基础
首先，我们需要明确的是，罚款本质上是一种行政处罚权。根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，只有具有行政处罚权的行政机关才能在法定职权范围内实施罚款。公司，作为非行政机关，并不具备法律直接赋予的行政处罚权。
二、公司规章制度的制定与效力
尽管公司没有直接的行政处罚权，但它们可以基于管理需要设定规章制度。然而，这些制度必须在法律允许的范围内，并且不能侵犯员工的合法权益。具体来说：
民主程序：根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位在制定、修改或决定直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。如果公司未履行这一民主程序，直接规定罚款条款，那么该制度可能因程序违法而无效。
公示告知：规章制度还需向员工进行公示或告知，确保员工知晓并同意。如果员工入职时未签署确认书，或公司未通过有效方式（如公告栏、邮件）公示吸烟处罚规定，那么罚款同样缺乏依据。
三、罚款金额的合理性
即使公司的规章制度经过了民主程序制定，并且向员工进行了公示告知，罚款金额也必须合理，不能显失公平。1000元的罚款如果明显过高，超出了合理范畴，那么该规定可能因显失公平而不具有合法性。此外，罚款规定的合理性还需经过民主程序进一步确认，即需再次经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表协商确定。
四、员工权益保护
如果公司对抽烟员工进行了不合法的罚款，员工有权采取以下措施来维护自己的合法权益：
与公司协商：员工可以与公司协商要求返还罚款。
向劳动监察部门投诉：如果协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求行政部门的帮助。
申请劳动仲裁：员工还可以申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。
诉讼途径：在极端情况下，员工甚至可以通过诉讼途径来保护自己的权益。
五、综合判断
综上所述，公司规定抽烟罚款1000元是否合法，关键在于公司的规章制度是否满足以下条件：
只有当这些条件都满足时，公司的罚款规定才可能具备合法性。否则，员工有权提出异议并寻求法律保护。因此，建议您在面对此类情况时，先仔细审查公司的规章制度，并考虑咨询专业律师以获取更具体的法律建议。