结论：公司因员工第一次迟到3分钟就给予警告、扣行政分并影响全年工资的做法，在一般情况下是不合理的，但具体还需结合公司规章制度、劳动合同以及迟到行为的实际影响等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从公司规章制度的角度
规章制度需合法合理：公司的规章制度是其管理员工的重要依据，但必须符合法律法规的规定，且内容应当合理。如果公司规章制度中明确规定了迟到3分钟就要给予警告、扣行政分并影响全年工资，那么这一规定可能因过于严苛而被视为不合理。
规章制度需经民主程序：根据《劳动合同法》的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果公司规章制度未经民主程序制定，那么其合法性可能会受到质疑。
二、从劳动合同的角度
劳动合同的约定：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了迟到行为的处理方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以按照劳动合同的约定进行处理。但在此案例中，迟到3分钟就给予如此严厉的处罚，很可能超出了劳动合同的合理约定范围。
劳动合同的变更：如果公司想要变更劳动合同中关于迟到行为的处理方式，应当与劳动者协商一致，并采用书面形式进行变更。未经劳动者同意，公司不得单方面变更劳动合同内容。
三、从迟到行为的实际影响角度
迟到行为的严重性：迟到3分钟通常属于轻微违纪行为，对公司的正常运营和劳动秩序影响较小。因此，公司应当采取较为温和的处理方式，如口头警告、提醒注意等，而不是直接给予警告、扣行政分并影响全年工资。
处罚的适度性：根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位对劳动者进行处罚时，应当遵循适度原则，即处罚应当与违纪行为的性质、情节以及危害程度相适应。在此案例中，公司对迟到3分钟的行为给予如此严厉的处罚，显然超出了适度原则的范围。
四、建议与措施
与公司沟通：如果你认为公司的处罚决定不合理，可以首先与公司进行沟通，表达你的观点和诉求，尝试通过协商解决问题。
申请劳动仲裁：如果沟通无果，你可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求撤销公司的处罚决定或恢复你的工资待遇。在申请劳动仲裁时，你需要提供相关证据证明公司的处罚决定不合理或违法。
寻求法律援助：如果你在处理此事过程中遇到法律难题或需要法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。
总结：公司因员工第一次迟到3分钟就给予警告、扣行政分并影响全年工资的做法，在一般情况下是不合理的。你可以通过与公司沟通、申请劳动仲裁或寻求法律援助等方式来维护自己的合法权益。